В 1954 г. был осуществлен переход к обучению воинов с учетом специфики атомного оружия, что потребовало новых рекомендаций и наработок военной педагогики. Вместе с тем правительство отменяет преподавание военной педагогики и психологии в военных вузах. В 1953 г. закрывается Военно-педагогический институт Советской Армии; Краснознаменный институт физической культуры и спорта им. В. И. Ленина преобразовывается в военный факультет при Государственном институте физической культуры и спорта им. П. Ф. Лесгафта. В 1957 г. расформировывается Высший военно-педагогический институт им. М. И. Калинина, а открывается военно-педагогический факультет при ВПА им. В. И. Ленина. Такие неоднозначные меры незамедлительно отразились на самой науке: сократилось число ученых, военных педагогов, исчезли публикации по проблемам обучения и воспитания, в войска перестали поступать научно обоснованные рекомендации. Более шести лет продолжалось игнорирование военной педагогики, нанесшее немалый вред делу обучения и воспитания военнослужащих.
Новый подъем теории и практики военного обучения и воспитания начался с создания в июле 1959 г. в ВПА им. В. И. Ленина кафедры военной педагогики и психологии (начальник кафедры А. В. Барабанщиков), ставшей с самого начала центром военно-педагогических исследований в стране и ее Вооруженных Силах.
В 1967 г. была создана сеть высших военно-политических училищ для различных родов войск, совершенствовалась система заочного обучения, появились военно-учебные заведения ракетного профиля. Все это позволило повысить качество подготовки военных кадров согласно требованиям своего времени.
В 1960–1980-е гг. в армии произошли качественные изменения как в техническом (войска получили ракетно-ядерное оружие), так и в интеллектуальном плане. В 1966 г. каждый четвертый офицер имел высшее или специальное образование, а в 1980 г. с высшим образованием служили уже более 50% офицеров. Уровень знаний солдат и сержантов также значительно повысился; уже в 1970-е гг. высшее и среднее образование имели около 50% воинов, а к середине 1980-х гг. – более 80%. Это потребовало от военной педагогики разработок новых направлений подготовки офицерских кадров, обучения и воспитания военнослужащих. Ведущей в этой деятельности выступала кафедра педагогики и психологии ВПА им. В. И. Ленина. На ее базе за относительно короткий срок было подготовлено значительное количество научно-педагогических кадров. С 1959 до конца 1980-х гг. по кафедре было защищено 150 кандидатских и 16 докторских диссертаций.
Значительный вклад в развитие теории и практики военной педагогики в послевоенный период внесли А. В. Барабанщиков, И. Г. Безуглов, Н. С. Кравчун, Н. Ф. Котов, В. Я. Слепов (общие вопросы военной педагогики, цели и задачи воспитания); Н. И. Кирятов, А. С. Барадавка (комплексный подход к воспитанию); В. З. Колесников, А. А. Федотов, В. Г. Демин, С. М. Соловьев, И. М. Малышев, В. П. Давыдов (содержание воспитания); Д. П. Познанский (педагогические основы управления); В. И. Вдовюк, А. М. Герасимов (подготовка офицера как военного педагога); В. Н. Герасимов (проблемы перевоспитания, превентивная педагогика); И. Д. Ладанов, Н. Г. Чумичев (сущность буржуазной теории и практики воспитания); А. П. Дударь, А. В. Комаров, С. В. Бордунов (история воспитания).
В 1960–1970-е гг. во всех высших военно-политических училищах появились кафедры военной педагогики и психологии, в военно-учебных заведениях был введен курс военной педагогики и психологии, в войсках проблемы военной педагогики включены в программы командирской подготовки, тематические планы марксистско-ленинской подготовки, в академиях организованы курсы переподготовки преподавателей и войсковых офицеров по проблемам военного обучения и воспитания.
В эти годы широко развивалось научное взаимодействие военных педагогов с гражданскими научными и учебными центрами: НИИ АПН СССР, МГУ им. М. В. Ломоносова, ЛГУ им. А. А. Жданова, МГПИ им. В. И. Ленина, ЛГПИ им. А. И. Герцена и др. Ведущие педагоги страны С. И. Архангельский, Ю. К. Бабанский, А. И. Пискунов, М. Н. Скаткин и др. активно сотрудничали с военными педагогами и координировали научную работу.