27 января 1812 г. была введена новая организация Военного министерства (Приложение № 2). Согласно новой структуре в составе Военного министерства помимо семи департаментов были созданы
Директором Особенной канцелярии был оставлен полковник Алексей Васильевич Воейков. Казалось, ничто не предвещало скорой смены руководства. Но, как выяснилось, Воейков был близко знаком с М.Л. Магницким (вместе учились в пансионате), а уже через своего приятеля с М.М. Сперанским. Именно эта личная связь стала причиной, из-за которой никому не доверявший Александр I после ссылки Сперанского и Магницкого решил впоследствии убрать Воейкова с такой важной должности. Делами разведки должен был руководить человек вне всяких подозрений и не обремененный знакомством с лицами, подозреваемыми в неблагонадежности.
19 марта 1812 г. неожиданно дня Воейкова император назначил его командиром егерской бригады еще формируемой 27־й пехотной дивизии. Внешне для окружающих это выглядело повышением — занял генеральскую должность, но по сути это было явное понижение. Так падение некогда царского любимца Сперанского «опалило» блестящего офицера (реформаторская деятельность Сперанского вызвала недовольство окружения Александра, которое третировало его как выскочку, обвиняло в государственной измене и добилось его падения — в 1812 г. он был сослан в Нижний Новгород). И хотя Воейков за Бородинское сражение получил чин генерал-майора, дальше продвинуться по служебной лестнице он уже не мог, и в 1815 г. вышел в отставку
21 марта 1812 г. пост директора уже Особенной канцелярии занял полковник Арсентий Андреевич Закрсвский[17]
, бывший адъютант одного из талантливых русских генералов, умершего незадолго до этого Н.М. Каменского. Под руководством Каменского, в прошлом наравне с Багратионом[18] любимца Суворова, Закревский прошел хорошую боевую школу в последних войнах России с Францией, Швецией и Турцией и зарекомендовал себя как отличный штабной офицер. Именно он возглавил сотрудников Особенной канцелярии во время боевых действий, поскольку все находились при Барклае в 1-й Западной армии до оставления Москвы и выполняли свои обязанности в полевых условиях.