Совершенно отличная ситуация с агентами Морского министерства складовалась на Дальнем Востоке. Заключение Путятиным в 1855 г. Симодского договора, открывало, в том числе для русских судов три японских порта, причем в два из них — Хакодатэ и Нагасаки — Россия получала право назначать своих консулов. Во время своего визита Путятин вынес убеждение о большом интересе японцев к морскому делу:
На основании рапорта Путятина генерал-адмиралу великому князю Константину Николаевичу правительство решило включить морского офицера в первый состав российского консульства, отправившегося в Японию, в Хакодатэ — морской порт, куда по Симодскому договору могли заходить русские торговые корабли. Выбор пал на лейтенанта П.Н. Назимова. Официально по сравнению со своими коллегами в Европе он не именовался агентом Морского министерства. Согласно Инструкции директора Инспекторского департамента Морского министерства контр-адмирала Н.К. Краббе, датированной февралем 1858 г.,
Что касается жителей Хакодатэ, то они опровергли наблюдения Путятина, не проявив никакого желания обучаться морскому делу. Остается загадкой, как Назимов завлекал японцев на обучение морскому делу. Очевидно, подобное начинание должно было предусматривать формирование соответствовавших японских структур, которым была бы поручена организация обучения военно-морскому делу, выделение соответствовавшего контингента обучаемых и, наконец, финансирование этого начинания. Чего, как выяснилось, сделано не было. А может быть, и не предусматривалось изначально? Одним словом, Назимов должен был действовать по своему разумению. В итоге наиболее значительным из всех дел, совершенных Назимовым, стала постройка дома для консульства. В 1860 г., получив новое назначение, Назимов вернулся в Россию. Несколько его сообщений (очень кратких), помещенных в «Морском сборнике», служили в морской среде одним из немногих источников знакомства с Японией.
В 1861 г. на место Назимова приехал лейтенант П.М. Костерев, пробывший в Японии более длительный срок. Но и его усилия не увенчались особым успехом. Подобно своему предшественнику, лейтенант овладел основами разговорного японского языка, но иероглифы оказались для него непреодолимым препятствием. Правда, несколько японцев все же стали его учениками, но, как вскоре выяснилось, это были младшие сыновья чиновников, не имевшие шансов унаследовать должности своих отцов. В обучении морским наукам они видели всего лишь способ продвижения по социальной лестнице. Как следствие, отмечал лейтенант Костерев, при переходе к относительно сложным предметам