В 1821 г. была временно учреждена должность начальника Штаба Его Императорского Величества (Е.И.В.) по морской части (Морского штаба Е.И.В.), которому, как фактически управляющему Морским министерством, было подчинены и Адмиралтейств-коллегия, и Адмиралтейский департамент.
После вступления на престол Николая I были сделаны новые шаги по пути централизации управления морским ведомством. 31 декабря 1825 г. для разработки проекта улучшений морского управления и флота был учрежден «Комитет образования флота», возглавлявшийся вице-адмиралом А.В. Моллером. Преобразование управления морской частью должно было согласовываться как с общим учреждением министерств, так и с порядком управления, установленным в военном ведомстве. В течение двух лет Комитетом были разработаны «Предварительное образование Морского министерства» и «Предварительное образование Морского дежурства». Были ликвидированы остатки прежнего коллегиального устройства: упразднена Адмиралтейств-коллегия и ликвидирован Адмиралтейский департамент.
В ходе реорганизации 1827–1828 гг. высшее военно-морское управление было разделено на две части:
— Морской штаб Е.И.В. во главе с его начальником генерал-адьютантом А.С. Меншиковым, получившим право личного доклада императору и через которого передавались «высочайшие указания»;
— Морское министерство, подчиненное министру (вице-адмирал А.В. Моллер). Министру была сохранена власть, соответствовавшая общим положениям о министерствах, но у него не было права доклада императору, и он подчинялся начальнику Морского штаба. В ведении министра находились Канцелярия морского министра, Адмиралтейств-совет (с Канцелярией), Управление флота генерал-интенданта (Канцелярия, Кораблестроительный департамент с Кораблестроительным ученым комитетом, Комиссариатский и Артиллерийский департаменты, Управление генерал-штаб-доктора и Департамент корабельных лесов). Управление дежурного генерала, или Дежурство морского министерства, которое надзирало за морскими командами, кораблями, портами, верфями, госпиталями, фабриками и т. д., периодически устраивало инспекторские проверки. В состав этого управления, кроме его канцелярии, входили Инспекторский и Аудиториат-ский департаменты.
В 1831 г. Морской штаб Е.И.В. преобразуется в Главный Морской штаб (ГМШ) Е.И.В. Главному морскому штабу были непосредственно подведомственны Канцелярия начальника Главного морского штаба, Управление генерал-гидрографа (Канцелярия, Гидрографическое депо, Морская типография), Управление дежурного генерала, Ученый комитет (с 1827 г.), Строительный департамент.
В 1836 г. централизация морского управления была завершена. Главный морской штаб и Морское министерство были объединены под общим наименованием «Морское министерство» с подчинением начальнику ГМШ. Все центральные органы морского ведомства с этого года вошли в состав Главного морского штаба, во главе которого было поставлено одно лицо с правами министра — начальник ГМШ.
В непосредственном ведении начальника Главного морского штаба находилась Военно-походная Е.И.В. канцелярия по морской части, Гидрографическое управление (с 1837 г. — Гидрографический департамент), Инспекторский департамент; Комитет образования флота, Управление генерал-штаб-доктора (Медицинский департамент), Ученый комитет, Строительный департамент, Морской кадетский корпус.
Разведывательные сведения и материалы к этому времени накапливалась в трех подразделениях Главного морского штаба:
— в Ученом комитете Морского министерства;
— во втором отделении Канцелярии управления генерал-гидрографа, которое было занято в частности:
— в Гидрографическом архиве, который в свою очередь занимался
Ученый комитет Морского министерства (существовал под одноименным названием с 24.08.1827 г. — 24.03.1928 г.; Ученый комитет Морского штаба Е.И.В. — 24.03.1828 г. — 28.01.1831 г.); Ученый комитет Главного морского штаба Е.И.В. — 28.01.1831 г. — 27.01.1836 г.) был учрежден для изучения и обобщения новых достижений в различных областях военно-морского дела в России и за рубежом и внедрения этих достижений на флоте.