Постановлением Государственного Комитета Обороны от 9 июня 1943 г. № 3543с Главное управление тыла было упразднено. Вместо должности начальника Тыла Красной Армии — начальника Главного управления тыла учреждалась должность начальника тыла Красной Армии — заместителя народного комиссара обороны по тылу (схема 4).
Начальнику Тыла Красной Армии были подчинены: Главные управления: автомобильное, дорожное, интендантское, продовольственного снабжения, военно-санитарное; Центральное управление военных сообщений; Управления: снабжения горючим, ветеринарное, финансовое, по персональному учету потерь младшего начальствующего и рядового состава действующей армии и пенсионному обеспечению их семей, административно-хозяйственное; отдел кадров.
На начальника Тыла Красной Армии возлагались обязанности: разработка вопросов организации тыла действующей армии; подготовка планов и соображений по формированию, расформированию и распределению между фронтами соединений, частей и учреждений тыла, осуществление этих мероприятий через Генеральный штаб; выполнение оперативных перевозок и подвоза фронтам всего необходимого; всестороннее обслуживание Красной Армии.
В состав Штаба тыла, который оставался основным органом управления Тылом Красной Армии, входили отделы: оперативно-организационный; снабжения фронтов и отдельных армий; снабжения резервных армий, военных округов, запасных частей и воинских эшелонов, находящихся в пути; железнодорожных и водных перевозок; автомобильных и авиационных перевозок; приказной и штатный.
Новая структура центрального аппарата Тыла Красной Армии, его функции и правовое положение должностных лиц теперь полнее соответствовали принципам боевого использования войск, позволяли более целенаправленно и организованно решать задачи тылового обеспечения. Одновременно принимались меры по улучшению оснащения органов управления тылом техническими средствами связи, в первую очередь в оперативном звене. Штабам тыла фронтов выделялись отдельная рота связи и отдельная кабельно-шестовая рота. В армиях связь тыла организовывалась за счет средств армейских полков связи путем выделения в распоряжение начальника тыла армии отдельной роты связи. Кроме того, были сформированы семь авиационных звеньев связи по три самолета ПО-2 в каждом. Эти звенья были распределены между начальниками тыла фронтов. Этим же постановлением начальнику Тыла Красной Армии — заместителю народного комиссара обороны по тылу было предоставлено право входить с ходатайством в Правительство СССР по всем вопросам, связанным с осуществлением мероприятий по организации тыла Красной Армии, созданием запасов и снабжением армии продфуражом, горюче-смазочными материалами, вещевым, обозно-хозяйственным, медико-санитарным, ветеринарным имуществом и другими вопросами, принадлежащими по кругу обязанностей начальнику Тыла Красной Армии. Подчиненные ему начальники главных и центральных управлений НКО могли входить с ходатайством в Правительство только через начальника Тыла Красной Армии.
Последний имел право контролировать правильность распределения и использования в пределах, определенных Государственным Комитетом Обороны и СНК СССР, ресурсов продовольствия, фуража, интендантского, санитарного и ветеринарного имущества, горюче-смазочных материалов, автомашин, тягачей и запасных частей к ним, а также осуществлять контроль за эксплуатацией и ремонтом автотранспорта.
Успех военно-экономического обеспечения войск во многом зависел от организации подвоза боеприпасов, горючего и других видов материальных средств. Поэтому во всех звеньях тыла особое внимание уделялось как организационной структуре, так и использованию железнодорожного, автомобильного, гужевого транспортов, состоянию железных дорог, а также дорог для движения автомобильного и гужевого транспортов. Транспорт стал важнейшим средством подготовки и обеспечения свыше 50 только стратегических наступательных операций, проведенных нашими Вооруженными Силами в ходе Великой Отечественной войны под непосредственным руководством Верховного Главнокомандования.
Для руководства грузопотоком из глубины страны к фронту и наоборот были созданы центральные распорядительные станции (ЦРС), которые направляли прибывающие транспорты с материальными средствами в адрес фронтов на их распорядительные станции (ФРС), а эвакуационные грузы — на восток, вглубь страны. Прибывшие на ФРС материальные средства доставлялись на фронтовые склады или армейские распорядительные станции и далее — на станции снабжения. Со станций снабжения соединения и части грузы вывозили, как правило, своими транспортными средствами. Эта схема, разработанная еще в предвоенные годы, предусматривала комбинированный способ подвоза: по принципу «от себя» — до армии включительно и «на себя» — от армии до батальона. Приказом народного комиссара обороны СССР от 31 мая 1943 г. был установлен единый порядок подвоза «от себя» во всех звеньях снабжения воинских формирований.125