Приказы капитанам «Индигирки» и «Александровска» гласили: «Относительно самообороны ваших судов... во время транспортировки специального груза суда будут оснащены двумя 37-мм автоматическими зенитными пушками с 1200 снарядами на каждую пушку. Открывать огонь только при попытке захвата или потопления вашего судна с одновременным докладом о подобной попытке в Москву».
Аналитики американской военно-морской разведки подготовили и разослали адресатам в ВМС инструкцию для экипажей самолетов и кораблей но распознаванию советской военной техники, исхода из размеров и конфигурации деревянной тары. На некоторых советских грузовых судах имелись большие грузовые люки, через которые производилась погрузка механизированной техники, танков и бетонных пусковых столов для ракет. Для того чтобы уменьшить вероятность обнаружения американцами процесса производства таких столов на Кубе, их изготавливали в СССР, грузили на торговые суда и выгружали ночью в кубинских портах. План требовал быстрого сооружения и ввода в эксплуатацию стартовых позиций ракет, поскольку рано или поздно их все равно обнаружат американские самолеты-разведчики. Весь советский военный персонал, включая командующего всеми советскими силами на Кубе генерала И. Плиева и его штаб, добирались до места назначения в «гражданке» и по запутанным маршрутам, чтобы сбить с толку американцев. Генерал и его штабные офицеры прилетели в Конакри (Гвинея), им поставили в паспорта штампик, и они продолжили полет до Гаваны.
Аналитикам западных разведок не составило особого труда определить разницу между темнокожими кубинцами и их белыми наставниками, преимущественно блондинами. Кубинцы прозвали их «ночными ползунами» за склонность к передвижениям и строительству только под покровом темноты. В целом советская операция отличалась поспешностью в ее организации и легким налетом маскировки. Временами хитрости Советов вызывали у западных аналитиков смех, но это длилось не слишком долго. Угроза конфронтации оставляла мало места для юмора.
4 сентября США выступили с протестом по поводу сооружения стартовых позиций зенитных ракет и поставок катеров, вооруженных крылатыми ракетами. Оказавшись не в состоянии и дальше скрывать размах своих военных поставок, Москва опубликовала коммюнике, в котором заявила о «праве на оказание военной помощи, пока существует опасность вторжения».
К середине сентября на Кубе находились атомные боеголовки для советских БРСД Р-12 «Двина» (SS-4). Теперь у СССР на Кубе имелись бомбардировочная эскадрилья (6 самолетов Ил-28) с атомными бомбами и три дивизиона БР «Луна» малой дальности (6 ПУ, 12 ракет, 12 боеголовок со спецзарядом и 24 ракеты с обычными боеголовками). 8 сентября министр обороны СССР Р.Я. Малиновский разрешил командующему группировкой советских войск на Кубе — в случае ожидаемой высадке американцев — применять это оружие по его усмотрению:
«В том случае, когда поражение противника становится первоочередной задачей, а возможности получения инструкций от Министерства обороны СССР нет, вам разрешается принять собственное решение и использовать ядерные средства типа «Луна», Ил-28 и ФКР-1 в качестве оружия локальной войны для уничтожения противника на земле и вдоль побережья с целью полного уничтожения захватчиков на кубинской территории и защиты Республики Куба».
С целью дальнейшего ухудшения обстановки вокруг Кубы вооруженная группа кубинских эмигрантов под названием «Альфа-66» организовала нападения на английское и кубинское суда, находившиеся у северного побережья Кубы. Теперь советские суда могли подвергнуться нападению незаконных вооруженных групп. 27 сентября Министерство морского флота СССР дало советским судам следующую телеграмму:
«В случае невозможности защиты от вооруженного нападения иностранных граждан, силой проникающих на ваше судно, начальник находящегося на судне воинского подразделения уничтожает имеющиеся на борту судна документы, содержащие сведения, которые представляют военную или государственную тайну. В случае угрозы захвата вашего судна иностранными судами, капитан и начальник находящегося на судне воинского подразделения организуют отражение нападения и высадки на судно и, в случае необходимости, топят судно, используя для спасения экипажа все средства согласно указаниям Министерства морского флота».