К 1939 г. в целом было завершено строительство основных объектов во Владивостоке и прилегающих к нему пунктах базирования в заливе Петра Великого. Однако в главной базе флота не удалось добиться реализации одного из основных принципов существовавшей теории базирования - маскировка пунктов базирования и скрытность их функционирования. Это было обусловлено наличием большого количества коммерческих объектов Наркомморфлота, Наркомвода и объектов ГУЛАГа НКВД в бухтах, примыкающих к Владивостоку. Ограничение, а впоследствии и полный запрет захода иностранных судов во Владивосток, не решали проблемы скрытности базирования сил флота. Все усилия командования Тихоокеанским флотом и Наркомвоенмора поддержки не находили. Только с началом войны в Европе военнополитическое руководство страны озаботилось положением своей главной базы на Тихом океане.
В октябре 1939 г. было принять постановление Совета Народных Комиссаров Союза СССР и ЦК ВКП(б) «О переносе Владивостокского торгового порта в бухту Находка»[104]
. В целях обеспечения нормальных условий базирования Тихоокеанского флота во Владивостоке и прилегающих к нему бухтах, СНК СССР и ЦК ВКП(б) обязали НКВД, Наркомморфлот, Наркомвод и другие гражданские организации освободить и передать Наркомату ВМФ в течение 1939-1942 гг. все занимаемые ими акватории с причальным фронтом и постройками в бухтах Золотой Рог и Диомид. В первую очередь (к 1 февраля 1940 г.) передаче подлежали вся территория полуострова Шкота и причальный фронт от входного створа пролива Босфор Восточный до транзитного причала № 6, причалы и портовые склады Дальстроя с занимаемыми ими территориями. Еще раньше, уже в 1939 г., ГУЛАГу НКВД предписывалось перевести из Владивостока в б. Находка транзитные лагеря заключенных, которых планировалось использовать на строительстве в Находке.До 1 февраля 1942 г. наркомату ВМФ планировалось передать все территории и сооружения Владивостокского торгового порта на северном побережье б. Золотой Рог и объекты Наркомрыбпрома на южном побережье б. Золотой Рог от Гнилого Угла до м. Голдобина, все жилые, служебные и коммунальные здания Дальстроя, расположенные во Владивостоке. К 1 ноября этого же года Наркомрыбпром обязывался передать НКВМФ промышленные сооружения, предприятия и жилые постройки, расположенные в б. Диомид. В течение 1939-1942 гг. все гражданские организации должны были перенести свои грузовые и производственные операции в бухту Находка. В свою очередь наркомат ВМФ обязывался передать в течение 1939-1940 гг. занимаемые им акваторию, территорию, здания и сооружения в б. Находка Наркомморфлоту, Наркомрыбпрому и НКВД в соответствии со схемой распределения территории между этими организациями.
Этим же постановлением на полуострове Муравьева-Амурского к югу от линии Гнилой Угол - б. Горностай и на полуострове Шкота предписывалось установить крепостной режим[105]
. Выселению из этой зоны в 1940 г. подлежали все граждане, не имевшие отношения к НКВМФ и НКВД[106]. Исполком Владивостокского городского совета своим решением № 25 от 16 марта 1940 г. произвел отчуждение земель Тихоокеанскому флоту под зоны крепостного режима и конкретизировал мероприятия по выполнению постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б) № 1646/399сс. Кроме указанных в постановлении территорий к зоне крепостного режима была отнесена юго-западная часть Минного городка со всеми прилегающими высотами, включая дорогу, соединяющую этот район города с районами Первой и Второй речки[107].Таким образом, вне зоны крепостного режима остались только центральная часть города и его предместья. В крепостной зоне надлежало провести полную инвентаризацию ведомственных и частных строений, провести полную перепись населения. Решением исполкома Владгорсовета граждане, не имевшие отношения к предприятиям и учреждений наркоматов ВМФ и НКВД, переселялись в другие места уже в 1940 г. Исключение составляли лица, занятые на работах и предприятиях, которые оставались в зонах крепостного режима до 1942 г. Характерно то, что в зоны крепостного режима попали кладбища Эгершельда и Морское, которые были закрыты для общегородского пользования[108]
.