После капитуляции армии Восточной Македонии операции против Греции продолжались двумя атакующими группами: восточной – XVIII армейский корпус (2-я танковая, 5-я и 6-я горные дивизии) и западной – ХХХХ армейский корпус (лейбштандарт СС «Адольф Гитлер», 73-я пехотная дивизия и позже влившиеся 5-я и 9-я танковые дивизии). Восточная группа еще 9 апреля перешла частями 2-й танковой дивизии Вардар и двинулась в направлении на Эдессу, затем повернула на юг, 13 апреля захватила плацдарм в нижнем течении Альякмона и вскоре после этого атаковала позиции 2-й новозеландской дивизии на побережье и у Олимпа. В составе ХХХХ корпуса лейбштандарт СС 10 апреля при Веви вместе с английской танковой бригадой и занял незащищенный населенный пункт Флорина. В следующие дни корпус отбросил британские подразделения с их позиций в районе прохода Клиди (севернее Аминтеона) и, преследуя отходящего противника, продвинулся через Козани до Альякмона и частью сил на юго-запад до озера Кастория. Учитывая возможный прорыв немцев в районе Клиди, греческое командование уже 10 апреля отдало приказ об отводе армии Центральной Македонии с нагорья Вермион за шоссе, ведущее от Козани на Монастир, и вскоре после этого приняло решение отойти к Албании. Процесс начался 12 апреля отходом армии Западной Македонии в направлении к верхнему течению Альякмона. Двумя днями позже к ней присоединилась армия «Эпир». 15 апреля итальянская 9-я армия взяла Корчу.
В этот день британское Верховное командование, учитывая бесперспективное положение, решило вывести свои силы через Ларису и Трикалу на Фермопилы. Сильные арьергардные части оказали упорное сопротивление в ущелье Темпе, у Олимпа, за Альякмоном в районах Сервии и Калабаки. Оно было сломлено 18 апреля усилиями обеих немецких атакующих групп. На следующий день прошедшая через Темпе 2-я танковая армия заняла транспортный узел Лариса, а 5-я танковая дивизия, преследуя противника, двигалась через Трикалу на Ламию. 20 апреля немцы остановились у фермопильских позиций, обороняемых 2-й новозеландской и 6-й австралийской дивизиями.
Остатки армий Центральной Македонии и Западной Македонии отступили через Северный Пинд в район Янины, куда устремились также дивизии армии «Эпир» из Южной Албании. В это время из Гревены через проход Цигос к Янине прорвался лейбштандарт СС «Адольф Гитлер». Его командир – штандартенфюрер СС Зепп Дитрих 20 апреля предложил командующему армией «Эпир» генералу Цолакоглу, ввиду невозможности продолжения боев, принять капитуляцию его 16 дивизий. Она была подписана уже на следующий день в Ларисе в полевом штабе командования 12-й армии после коротких переговоров, о которых по специальному распоряжению Гитлера итальянцам не сообщали, в результате чего наступило перемирие. При этом произошел гротескный инцидент. Лейбштандарт СС 21 апреля ушел из Янины на албанскую границу и воспрепятствовал вторжению итальянцев в Эпир. Дуче в телефонном разговоре с Гитлером выразил решительный протест и потре бовал, чтобы греки капитулировали перед итальянскими войсками в Албании. Гитлер договорился с ним, что перемирие сохранится, но итальянцы должны продолжить наступление, пока греки не капитулируют и перед ними. Чтобы склонить их к этому, генерал Йодль по поручению Гитлера 23 апреля отправился в Ларису, а оттуда в Янину для переговоров с греческим командованием. Ему потребовался весь его дар убеждения, чтобы убедить генерала Цолакоглу выполнить его требование. На следующий день в Салониках капитуляция греков была подтверждена в новом составленном Гитлером договоре, во вводной части которого значились также и италь янцы. Неуважение, с которым немцы отнеслись к италь янским вооруженным силам, в те дни нашло свое выражение и в том, что от командования 12-й армии поступил отказ позволить итальянцам участвовать в задуманном вступлении в Афины. Однако Гитлер на этом настоял, учитывая чувствительность своих товарищей по союзу и в интересах поддержания хороших взаимоотношений, но форму, в которой это должно было произойти, предоставил выбрать генерал-фельдмаршалу Листу.