Руководителем одновременно отправляемой в Румынию военно-воздушной миссии был назначен генерал-лейте нант Шпейдель. В качестве так называемых «учебных войск» сначала была выделена усиленная истребительная группа из четырех эскадрилий и двух разведывательных эскадрилий, а также ряд легких и тяжелых зенитных батарей. Включение этой военно-воздушной миссии в военную миссию столкнулось с препятствиями, поскольку рейхсмаршал наотрез отказался подчинить ее генералу Ганзену, и Гитлер, как всегда, уступил этим необоснованным требованиям Геринга. Поэтому оставалось только одно: сделать обе миссии равноправными и отправить их по отдельности. При расхождении мнений глав миссий решение должен был принимать шеф ОКВ. Интересы всего вермахта в отношениях с румынским правительством представлял руководитель военной миссии, как старший по званию. Эти распоряжения были приняты в служебной инструкции, разработанной ОКВ и 20 сентября подписанной генерал-фельдмаршалом Кейтелем. В ней было сказано, что официальная задача военной миссии – оказать помощь дружественной Румынии в организации и подготовке ее вооруженных сил. Однако ее истинная задача заключается в следующем:
1. Защитить румынские нефтяные месторождения от нападения третьих сил и уничтожения.
2. Сделать румынские вооруженные силы способными решать отдельные задачи в соответствии с планом, направленным на защиту интересов Германии.
3. В случае войны с Советским Союзом подготовить возможность использования немецких и румынских сил из Румынии.
Впрочем, пока еще переговоры с министерством иностранных дел относительно отправки военной миссии, которые имели большое политическое значение, «висели в воздухе», потому что ими все больше интересовалась мировая общественность. Чтобы появление немецких войск в Румынии не слишком сильно повредило престижу румынского правительства и не испортило отношения с Советским Союзом, министерство иностранных дел хотело более активного включения немецкого посланника в Бухаресте во все связанные с военной миссией вопросы. Кроме того, оно потребовало, чтобы первый эшелон отправился только по согласованию с ним.
После того как это было установлено и венгерское правительство дало свое согласие на перевозку немецких войск через территорию Венгрии, руководители миссий и приближенные к ним лица 10 октября выехали в Бухарест, где их встретили с большим воодушевлением. Оставшиеся части штабов последовали туда же 20-го, а собственно войска – 24-го. В конце месяца военно-воздушная миссия прибыла в Румынию целиком, но от усиленной 13-й дивизии – только одна треть. Транспортировка остальных войск тянулась почти до середины ноября. Во второй половине октября в Румынии появился военно-экономический штаб и особое подразделение службы связи ОКВ. Первоначальное воодушевление румын относительно прибытия немецких войск несколько поуменьшилось из-за высоких расходов на немецкую миссию, которые, согласно договоренности, должна была нести румынская сторона. Они составляли почти шестую часть всего румынского бюджета и привели к активным протестам генерала Антонеску в Берлине. Письмом имперского министра иностранных дел Сталину от 13 октября немцы постарались успокоить Советский Союз относительно принимаемых ими в Румынии мер. Риббентроп изложил мнение Гитлера относительно международной обстановки, поднял вопрос о тесном сотрудничестве государств Тройственного пакта и Советского Союза и предлагал Молотову обсудить все необходимые вопросы в Берлине. Сталин в своем поступившем 21 октября ответе в общем одобрил рассуждения Риббентропа и уведомил, что Молотов приедет в Берлин 10 – 12 ноября. Но одновременно он отправил четырех советских офицеров для наблюдения за немецкой военной миссией в Бухарест и 26 октября позволил занять три находящихся между Измаилом и Килия-Нова дунайских острова, господствовавшие над северным рукавом дельты Дуная, на том основании, что они принадлежат Бессарабии.