На состоявшемся вскоре совещании председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский, С. И. Аралов, А. П. Розенгольц и военный консультант Окружного отдела ВК РВС Восточного фронта Н. Н. Асмус обсудили вопрос о слиянии органов ВК и ЧК, действующих в РККА. В принятом постановлении предусматривалось, что все фронтовые и армейские ЧК «переходят» в состав Военного контроля РВСР, который «реорганизуется» в «Особый отдел», выполняющий задачи по ведению в армии агентурной разведки, контрразведки и борьбы с подрывной деятельностью. Предполагалось, что его личный состав должен быть «очищен от продажных элементов» — под ними подразумевались военспецы — и укомплектован за счет «исключительно партийных работников». Постановлением в очередной раз определялось двойное управление военной контрразведкой — теперь уже «Особым отделом». Эти органы в войсках подчинялись политическим комиссарам и работали под контролем фронтового «Особого отдела». В частности, политкомиссары армий назначали «заведующих» «Особыми отделами» армий, но с обязательным утверждением их кандидатур фронтовым «Особым отделом». Для «чистки» и реорганизации отделов Военного контроля предполагалось образовать комиссию из трех человек, состав которой следовало согласовать с председателем ВЦИКаЯ. М. Свердловым — таким образом, решение межведомственного характера поднималось на высший государственный уровень.
Между тем большинство практических вопросов оставались открытыми: как должно идти слияние органов ВК и ЧК, какой должна быть структура нового органа? Главное, останется ли «Особый отдел» в РККА или станет частью ВЧК?
Девятнадцатого ноября ВЧК направил губернским, фронтовым и армейским ЧК циркулярную телеграмму № 6366 за подписью Ф. Э. Дзержинского и начальника Иногороднего отдела ВЧК В. В. Фомина. В ней объявлялось о роспуске выполнившей свою задачу «Прифронтовой ЧК» и о том, что «отныне существуют только такие комиссии: ВЧК как центральный орган, губчрезкомы, уездчрез-комы, фронтчрезкомы, армчрезкомы». Армейские чрезко-мы подчинялись фронтовым, фронтовые — ВЧК. Кроме того, они «подчинялись» еще и военному ведомству. Циркуляр заканчивался категорическим указанием, что «роспуск ЧК производится исключительно ВЧК». Хотя кроме губернских чрезкомов телеграмма была адресована ЧК Южного, Восточного и Северного фронтов и восьми армий, это не означало, что между ВЧК и указанными комиссиями действующей армии уже существовали непосредственные отношения и организационное единство. Впрочем, эти отношения были установлены достаточно быстро.
В конце ноября состоялась 2-я Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и саботажем. В резолюции «Об армейских ЧК в действующей армии» конференция постановила «организовать» при фронтах и армиях чрезвычайные комиссии для обеспечения РККА «пресечения всяких попыток контрреволюционеров к провокационным выступлениям», наносившим вред «делу защиты РСФСР». ВЧК совместно с военным ведомством поручалось «выработать точные инструкции для фронтовых и армейских ЧК».
Для руководства армейскими и фронтовыми комиссиями существовавший в центральном аппарате ВЧК военный подотдел был реорганизован в военный отдел во главе с М. С. Кедровым, однако при том эти ЧК были подчинены также и «военному ведомству».
«Категорически отрицаю предъявленные мне обвинения. Заявляю, что вся моя жизнь и преданная работа в партии большевиков в течение 38 лет является убедительным опровержением предъявленных обвинений».