7 октября правительственные войска начали полномасштабную контратаку. Повстанцы организованно отступили под руководством будущего президента Руанды майора Поля Кагаме в леса Национального парка Акаге- ра. В последовавшей за этим партизанской войне регулярная армия не смогла добиться решающего успеха. Было заключено несколько соглашений о перемирии, но все они нарушались. Хрупкое равновесие установилось к февралю 1994 года. Годом раньше Франция свернула операцию Noro^it, уступив место ооновской миссии UNAMIR (United Nations Assistance Mission for Rwanda).
Но 6 апреля 1994 года самолет президента Абьариманы, который возвращался с переговоров в Дар-эс-Саламе, был сбит. Это стало сигналом для массовых убийств тутси отрядами ополчения хуту Interahamwe и армейскими подразделениями. Жертвами геноцида стали и некоторые хуту. Всего погибло, по разным данным, до миллиона человек. Бельгия вывела свои войска, входившие в UNAMIR, остальные миротворцы занимались только охраной и эвакуацией европейцев и не пытались предотвратить массовые убийства, которые происходили прямо на их глазах. С 8 по 14 апреля французы провели операцию Amaryllis по вывозу 1,5 тысяч европейцев.
Уже 7 апреля отряды РПФ возобновили наступление. После трех месяцев ожесточенных боев они разгромили противника. 4 июля войска РПФ вошли в Кигали. Повстанцы взяли под контроль практически всю страну, когда в ситуацию вновь вмешалась французская армия, начав операцию Turquoise, которая получила мандат Совета безопасности ООН. В контингент вошли подразделения 13-й полубригады, 2-го пехотного и 6-го инженерного полков Иностранного легиона, 2-я батарея 35-го парашютного артиллерийского полка, 3я батарея 11-го артиллерийского полка морской пехоты, по роте от 2-го парашютного и 3-го пехотного полка морской пехоты, бронекавалерийский полк морской пехоты, эскадрон 9-й бригады легкой бронетехники морской пехоты. Группировка сил специальных операций состояла из 150 бойцов 1-го парашютного полка морской пехоты, коммандос ВМС Франции (Commando Trepel), 10-го парашютного коммандо, 13-го парашютного драгунского полка, группы парашютистов- коммандос Командования специальных операций, а также спецназа Национальной жандармерии.
Отряды РПФ это не остановило, 13 и 18 июля пали последние оплоты правительственных частей и ополченцев хуту на севере страны — Рухенгери и Гисенйи. Тем не менее французская группировка (2250 бойцов) и 500 африканских миротворцев взяли под контроль значительную часть юго-запада Руанды — треугольник Кьянгугу-Кибуйе-Киконгоро (пятая часть страны). В их распоряжении была сотни бронетранспортеров, десять вертолетов, батарея 120-мм минометов, четыре штурмовика Jaguar, восемь истребителей Mirage. Началась гуманитарная операция, в зону миротворцев стекались беженцы. Более того, в эту зону для проверки допустили и офицеров РПФ. Это было сделано в обмен на возвращение захваченных повстанцами двух французских военных. 21 августа мандат операции закончился, и миротворческую зону передали РПФ. Хуту бежали, в основном, в восточный Заир, скоро там скопилось уже более 2 млн. беженцев.
Президент Миттеран объявил, что операция Turquoise «спасла десятки тысяч жизней», и это было абсолютной правдой, но в то же время эта операция стала политическим фиаско Франции. Париж попал под обвальный шквал критики мировых СМИ, мировых правительств, ООН и гуманитарных организаций. Французов обвинили в том, что они снабжали режим президента Абьариманы и вооружили руандийскую армию и ополченцев хуту для последующей грандиозной резни тутси. Их обвиняли в затягивании начала интервенции на шесть недель. Их обвиняли в том, что в ходе операции Turquoise они не задержали ни одного виновного в геноциде и военных преступлениях, хотя имели полную возможность (Париж объяснил это отсутствием мандата ООН). Когда хуту перегнали в миротворческую зону свою радиостанцию, призывавшую к убийствам тутси, французы ее не захватили, а позволили продолжать вещание. В общем, суть обвинений сводилась к тому, что Франция в этом конфликте поддерживала одну из сторон, нарушив одну из самых главных заповедей миротворцев, и не остановила геноцид тутси, хотя это обвинение скорее стоит предъявить ООН, чьи войска в Руанде ничего не предприняли, когда убийства только начались.