Едва оправившись от ранения, Дюгомье вернулся в армию и в мае 1794 года нанес в Восточных Пиренеях сокрушительное поражение испанской армии, спешившей на выручку осажденной французами крепости Беллегард. Противник потерял только пленными свыше 2 тыс. человек и всю артиллерию (до 100 орудий). Сама крепость после длительной осады затем была принуждена к сдаче голодом. Недостаток сил не позволил Дюгомье осуществить вторжение в глубь Испании. Осенью противник попытался перейти в наступление. Собрав свои силы в кулак, Дюгомье нанес встречный удар. 17 ноября 1794 года при Сен-Себастьяне произошло решительное сражение, в котором испанцы были разбиты. Но праздновать радость победы Дюгомье не довелось. В самый решающий момент сражения, когда левое крыло противника было уже опрокинуто стремительной атакой французов, выдвинувшийся в боевые порядки своих войск командующий армией был сражен осколком вражеской гранаты. Для Восточно-Пиренейской армии триумф победы превратился в скорбную церемонию прощания со своим доблестным командармом.
Дюгомье был профессиональным военным, отдавшим армейской службе большую часть своей жизни. Проявив себя как отважный офицер в годы Семилетней войны и прослужив затем долгие годы в королевской армии, он был хорошо подготовленным в военном отношении человеком, хотя к началу Великой французской революции уже и не состоял на военной службе. С началом революции Дюгомье решительно встал на сторону восставшего против монархии народа и принял активное участие в борьбе за провозглашенный революцией лозунг «Свобода, Равенство и Братство». Это было тем более удивительно, что абсолютное большинство его собратьев по классу (богатых плантаторов, использовавших в своих владениях рабский труд) приняло революционные преобразования в штыки и сразу же сделались их непримиримыми противниками. В развернувшейся на острове острой классовой борьбе, переросшей затем в открытую гражданскую войну, Дюгомье был вынужден с оружием в руках сражаться против представителей своего класса, составлявших на Мартинике основу сил контрреволюции. Руководство революционными силами на острове требовало от Дюгомье большого личного мужества, самоотверженности и идейной убежденности в правоте своего дела. Все эти качества были им продемонстрированы наилучшим образом. Вместе с тем Дюгомье проявил себя и как талантливый военачальник, сумевший, несмотря на исключительно с ложные условия обстановки, в течение довольно длительного времени противостоять противнику, располагавшему большим превосходством в силах. Однако неравная борьба, которая велась республиканцами на острове, в конечном счете завершилась их поражением. Немалую роль в этом сыграли и политические просчеты, допущенные Дюгомье и его сподвижниками в ходе гражданской войны на Мартинике. К примеру, они так и не решились пойти на углубление революционных преобразований на острове, в частности, на отмену рабства, чем оттолкнули от себя значительную часть своих сторонников из числа темнокожего населения.