19 сентября 1793 года Клебер был разбит вандейцами, возглавляемыми Ф. Шаретом де ла Контри, при Русе. Чтобы спасти свой отряд от полного уничтожения, он приказал батальонному командиру Шевардену: «Возьми 300 гренадеров и защищай эти теснины (между Русе и Гетинье. — Авт.) до конца. Тебя изрубят в куски, но ты спасешь своих товарищей». Храбрый офицер с честью исполнил этот приказ: все 300 гренадеров пали в неравном бою, но выполнили свой воинский долг до конца. Под их прикрытием основные силы отряда Клебера сумели своевременно отступить и оторваться от противника. Когда был смещен генерал Канкло и ряд других генералов, Клебер временно исполнял обязанности командующего всеми республиканскими войсками в Вандее. Во время этого недолгого командования он разбил вандейцев при Шантонне. За эту победу Клебер был произведен в дивизионные генералы. 8 октября 1793 года в Вандею прибыл новый командующий — генерал Лешель (до революции был учителем фехтования), и Клебер сдал командование ему. В сражении при Шоле (17 октября 1793 года) Клебер командовал правым флангом республиканской армии и сыграл решающую роль в достижении успеха. Затем отличился в сражении при Ангрене (17 ноября 1793 года), 23 декабря взял штурмом город Савне и через несколько дней торжественно вступил в освобожденный от многомесячной осады вандейцев Нант. В начале 1794 года Клебер был отозван в Париж и вскоре назначен командиром дивизии в Северной армии. Успешно действовал в боях на реке Самбра, отличился в сражении при Шарлеруа, а затем, действуя уже в составе Самбро-Мааской армии (генерал Ж. Журдан), прославил свое имя в знаменитом сражении при Флерюсе (26 июня 1794 года), где командовал левым крылом французской армии. Развивая достигнутый при Флерюсе успех, Клебер развернул наступление к Рейну. В ходе его он осадил Маастрихт и быстро овладел им, а затем вышел на Рейн.
В кампаниях 1795 и 1796 годов, когда Журдан дважды переходил Рейн и вторгался в Германию, Клебер вновь возглавлял левое крыло Самбро-Мааской армии. Нанес поражение австрийцам при Альтенкирхене (4 июня 1796 года), затем при Фридберге. Обеспечивал с севера осаду Журданом сильной крепости Майнц. Незадолго до Вюрцбургского сражения (3 сентября 1796 года) из-за разногласий со своим командующим был отозван в Париж, где после недолгих объяснений с Директорией, которая также была недовольна Журданом, получил приказ отправиться в Эльзас и разобраться с политическими настроениями своих земляков, внушавших правительству Республики серьезные опасения.
По возвращении в Париж Клебер представил Директории обстоятельный доклад, в котором развеял все ее подозрения в отношении эльзасцев. После этого ему было предложено место в Законодательном собрании Франции, но генерал отклонил это предложение, поскольку государство находилось в таком бедственном положении, что управлять им в этот период никто не решался. Поэтому заниматься законотворчеством при стремительно слабеющей и теряющей власть Директории у него не было никакого желания. От предложения занять пост командующего Рейнской армией Клебер также отказался. В результате он оказался не у дел.
Во время государственного переворота 18 фрюктидора (4 сентября 1797 года) Клебер находился в Париже. Его прямота, резкие высказывания в адрес теряющей доверие народа Директории, критика ее бездарного руководства страной создали ему немало врагов среди правящей верхушки. В числе их оказался даже знаменитый генерал Л. Гош. В результате открытое фрондерство Клебера по отношению к правительству едва не стоило ему ссылки в Кайенну (Французская Гвиана). Ссылка туда означала верную гибель. Из-за неблагоприятных климатических условий и сурового режима содержания смертность там была ужасающей. Вернуться из Кайенны обратно во Францию впоследствии посчастливилось лишь очень немногим. Только благоприятное стечение обстоятельств помогло Клеберу избежать этой участи. Занимавшийся в то время подготовкой своей военной экспедиции в Египет генерал Наполеон Бонапарт обратил внимание на опального генерала. Хотя лично он до этого с Клебером знаком не был, но зато был хорошо осведомлен о его боевых заслугах, так же как и о его неуживчивом характере. Но Бонапарт в то время считал, что военные способности и профессиональное мастерство военачальника важнее отдельных негативных черт его характера. В этом он убедился на опыте командования Итальянской армией. Поэтому он предложил Клеберу принять участие в задуманной им экспедиции. Предложение было с радостью принято. Директория, не знавшая что делать со своенравным и чересчур строптивым генералом (ссылать в Гвиану знаменитого генерала она явно опасалась, эта мера предусматривалась только лишь как крайнее средство, но явного повода для его применения Клебер не давал), облегченно вздохнула и дала Бонапарту свое согласие на его зачисление в штат экспедиционной армии, действуя по принципу: убрать куда угодно, только лишь с глаз долой и как можно подальше. В конце концов, как считала Директория, Египет ничем не хуже Кайенны.