Но, оставаясь убежденным республиканцем, Моро вскоре оказался в эпицентре политической борьбы, развернувшейся против диктатуры Наполеона Бонапарта, которая из временной, как полагали многие осенью 1799 года, по многим признакам грозила превратиться в постоянную. Поэтому в борьбе против первого консула, явно стремившегося к пожизненной и единоличной власти, сплотились различные силы — от крайне левых (бывшие якобинцы) до крайне правых (роялисты).
Провозглашение Наполеона Бонапарта пожизненным первым консулом (2 августа 1802 года) еще более усилило оппозиционные настроения Моро. Он публично отказывается принять орден Почетного легиона, пожалованный ему Наполеоном. Моро прекрасно сознавал, что у него самое громкое после Наполеона Бонапарта имя в армии и стране, что за ним стоят влиятельные силы, и открыто фрондировал против установившегося в стране режима. Он знал, что Бонапарт не может не считаться с ним, и он не ошибся в своих расчетах. Первый консул не раз пытался протянуть ему руку примирения (приглашал к себе во дворец на обеды, на торжественные приемы, на богослужения в Собор Парижской Богоматери и т. п.), но каждый раз наталкивался на холодный отказ. Правда, Моро не шел на открытую конфронтацию с первым лицом в государстве, но и не желал входить в какой-либо контакт с ним. Чем наряднее и пышнее становились приемы в Тюильрийском дворце, тем проще и непритязательнее одевался Моро, ставший в глазах французов образцом республиканской скромности. До Бонапарта доходили презрительные отзывы генерала об ордене Почетного легиона, о Булонском лагере, о предполагаемой десантной операции в Англию и др. По столице, да и не только по Парижу, вовсю циркулировали распускаемые врагами Наполеона слухи, больно бившие по самолюбию первого консула: о том, что победа, одержанная Моро при Гогенлиндене, — это чистая победа, тогда как сражение при Маренго Наполеон проиграл, а истинным победителем в нем является генерал Л. Дезе, вырвавший победу у противника; что Египетская экспедиция — это авантюра, затеянная Бонапартом, который, как только понял, что она провалилась, дезертировал из Египта, бросив свою армию на произвол судьбы; что военный переворот 18 брюмера — это антиконституционная акция, которая не может быть признана легитимной, а Бонапарт просто узурпировал власть; что Бонапарт постоянно нарушает конституцию и стремится к авторитарной форме правления и т. п. Но Наполеону было хорошо известно, что Моро по складу своего характера не способен ввязаться ни в какие антиправительственные действия и ограничится лишь словесной фрондой. Тем не менее, как бы то ни было, но открыто фрондирующий генерал стал знаменем оппозиции, вокруг которого объединялись все недовольные.
Появилась оппозиция и в армии, которую составили офицеры и генералы, придерживающиеся республиканских взглядов. Это для власти было уже опасно. В апреле 1802 года по распоряжению Наполеона ряд генералов и офицеров были арестованы по обвинению в антиправительственной деятельности. Продержав некоторое время в заключении, их затем отправили в экспедицию на остров Сан-Доминго, откуда уже никто из них не вернулся.
Приняв жесткие и быстрые меры по пресечению оппозиционных настроений в армии, Наполеон оперативно устранил эту серьезную для себя угрозу и изолировал Моро от его сторонников в армии.
Открыто бравирующий своей оппозиционностью генерал Моро постепенно оказался в какой-то степени причастным к роялистскому заговору, возглавляемому известным шуаном Ж. Кадудалем и бывшим генералом революционной армии Ш. Пишегрю, его старым боевым соратником. Хотя Моро во многом и не разделял взгляды заговорщиков, целью которых было убийство первого консула, но тем не менее вступил с ними в контакт.
В январе 1804 года спецслужбами Наполеона были получены данные о том, что в Париже с августа 1803 года находится группа террористов, возглавляемая Кадудалем. Эти 50 готовых на все головорезов планируют похищение или убийство первого консула. 13 февраля об этом было доложено Наполеону. К этому времени стало известно, что в Париже нелегально находится и Пишегрю, который действует вместе с Кадудалем, и что он имел тайную встречу с Моро.
Наполеон был буквально поражен этим известием. Больше всего его потрясло то, что участником роялистского заговора оказался знаменитый генерал революционной армии Моро, долгие годы беззаветно сражавшийся под ее знаменами с врагами Франции и вот теперь перешедший на их сторону и изменивший своей родине.
16 февраля Моро был арестован у себя на квартире по обвинению в участии в антигосударственном заговоре. На следующий день было объявлено об аресте Моро как государственного изменника. Это произвело шок в Париже. Встревоженная таким известием оппозиционная общественность не поверила в виновность популярного генерала. Нападки на первого консула резко усилились, его обвиняли в стремлении устранить своего соперника, в зависти к военной славе Моро и т. п. Наполеон же был бессилен изменить общественные настроения.