Назначенный королем в состав военного суда над маршалом Неем (расчет роялистов был верным, они знали о старой вражде между этими двумя маршалами и надеялись найти в лице Массены нужного им судью) Массена попытался уклониться от такой «чести», сославшись на свои неприязненные отношения с этим человеком и на то, что по этой причине он не может объективно и беспристрастно рассматривать дело Нея. Но король не принял самоотвод маршала. 11 ноября 1815 года военный суд в составе маршалов Журдана (председатель), Массены, Мортье и Ожеро отказался судить своего боевого товарища, признав себя некомпетентным в рассмотрении обвинений, выдвинутых против Нея как пэра Франции. Дело было передано на рассмотрение палаты пэров. Выступление же Массены в защиту Нея послужило поводом для привлечения к ответственности его самого. Роялисты обвинили Массену в соучастии в заговоре и предали суду палат французского парламента. Князь Эслингский без особого труда оправдался, но нервное перенапряжение, связанное с судебным процессом, самым пагубным образом отразилось на его уже и без того серьезно пошатнувшемся за последние годы здоровье. Он тяжело заболел и надолго слег: его здоровье быстро ухудшалось, диагноз врачей был беспощаден — чахотка. Близкие советовали маршалу ехать лечиться в Италию, благодатный климат которой помог бы ему восстановить силы, но он категорически отказался, заявив, что «заслужил, по крайней мере, право умереть в возлюбленном своем Отечестве».
Последние годы жизни знаменитый маршал провел тяжело больным, сломленным тяжким недугом человеком. Он выглядел глубоким стариком, хотя даже не достиг еще и 60-летнего возраста. В редкие периоды облегчения «любимое дитя победы» все чаще обращался к воспоминаниям о днях своей славы, грустил о безвозвратно минувшем прошлом.
Массена скончался 4 апреля 1817 года на 59-м году жизни от туберкулеза. Он открыл счет могилам наполеоновских маршалов на парижском кладбище Пер-Лашез. Похороны опального полководца прошли тихо, почти незаметно, без официальных почестей. На них после долгого перерыва вновь встретились многие из ветеранов наполеоновских походов, герои былых битв. На беломраморном обелиске, воздвигнутом на могиле полководца, указаны только дата его смерти и фамилия «Массена». А в верхней части монумента, как лавровый венок, венчающий голову знаменитого воина, начертаны названия сражений, составляющих ратную славу Франции: «Риволи, Цюрих, Генуя, Эсслинг».
Кроме французских наград Массена имел ряд иностранных орденов высших степеней: Железной короны (Италия), Св. Стефана (Австрия), Св. Губерта (Бавария), Верности (Баден) и Заслуг (Гессен).
Массена был одним из немногих наполеоновских маршалов, обладавших полководческим талантом. У него была способность не только блестяще выполнять приказы и распоряжения своего главнокомандующего, что было свойственно многим маршалам Наполеона, но и успешно руководить армейскими объединениями на отдельных театрах военных действий. Подтверждением тому являются его действия в роли командующего армией в кампаниях 1799 года в Швейцарии, 1800 и 1805 годов в Италии, 1806 года на юге Италии и 1810—1811 годов в Испании и Португалии. В последней кампании, в которой Массена потерпел поражение, он был побежден не противником на поле битвы, а силой обстоятельств, не сумев преодолеть их неблагоприятного стечения. Анализируя полководческую деятельность Массены, можно сделать вывод, что как стратег он был незаменимым в небольших операциях, но ему не хватало образования и оперативно-стратегического кругозора, чтобы стать крупным полководцем.
Наполеон высоко оценивал военные способности Массены. «Массена был превосходным генералом, у которого высокое качество равновесия рождалось в минуту боя, посреди опасностей», — так писал о своем сподвижнике много лет спустя Наполеон.
Массена обладал многими необходимыми для полководца качествами. Ему были присущи высокая активность, решительность, непоколебимая твердость, настойчивость, искусство проявлять разумную инициативу, готовность пойти на обоснованный риск, умение предвидеть оперативно-тактическую обстановку и быстро реагировать на ее изменения, организаторский талант, поразительное хладнокровие и железная воля в критических ситуациях.
Характерным для Массены как военачальника являлось то, что он никогда не терял присутствия духа, как бы неблагоприятно ни складывалась обстановка. Растерянность и чувство уныния ему были неведомы. Временные неудачи не только не ослабляли его волю, а наоборот, стимулировали подъем активности, концентрировали энергию на поиски выхода из создавшегося положения.