По возвращении армии в Египет он разбил ополчение нескольких арабских племен, а затем прославил свое имя в сражении при Абукире (25 июля 1799 года). Возглавляемая Мюратом кавалерия сыграла решающую роль в победном исходе этого сражения. Ее стремительный удар привел к прорыву фронта противника. Сам Мюрат, несмотря на то, что дважды был уже ранен, вихрем ворвался на командный пункт командира турецкого десантного корпуса Мустафы-паши и вступил с ним в единоборство. Паша почти в упор разрядил свой пистолет в налетевшего на него французского генерала, но тут же получил разящий сабельный удар по руке, державшей пистолет. В результате этой молниеносной схватки турецкий паша лишился нескольких пальцев, а Мюрат получил пулевое ранение в лицо (пуля прошла под нижней челюстью). Мустафа-паша был взят в плен лично Мюратом, который за отличие в сражении при Абукире в тот же день был произведен Бонапартом в дивизионные генералы. Кроме того, главнокомандующий армией подарил бригаде Мюрата две трофейные английские пушки, захваченные в сражении при Абукире, и приказал выбить на них имя ее командира.
Мюрат возвратился во Францию вместе с Бонапартом, который, покидая Египет, взял с собой лишь нескольких наиболее преданных ему лично генералов (23 августа 1799 года).
Мюрат принял активное участие в государственном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), показав себя одним из наиболее преданных сторонников Бонапарта. В самый решающий момент, когда чаша весов заколебалась не в пользу кандидата в диктаторы и тщательно разработанный план Бонапарта оказался под угрозой срыва, именно решительные действия Мюрата произвели перелом в ходе событий. Действовал он по-солдатски, прямо, грубо и напролом. Предводимый им небольшой отряд гренадеров под гулкий грохот барабанов с ружьями наперевес вступил в зал заседаний Совета пятисот (нижняя палата французского парламента). Под его сводами прогремел зычный голос Мюрата: «Foutez-moi tout ce monde dehors!» («Вышвырните-ка мне всю эту свору вон!»). Только что извергавшие проклятия в адрес «узурпатора» (т. е. Бонапарта. — Авт.) и клявшиеся умереть, но отстоять Республику, депутаты (или, как их презрительно называли в армии — «адвокатишки»), прервав заседание, в страхе бросились врассыпную, многие «герои трибуны» повыпрыгивали из окон (зал заседаний находился на первом этаже). Многие из депутатов потом признавались, что голос Мюрата звучал у них в ушах всю жизнь. Так было покончено с опостылевшим всем режимом слабой и продажной Директории.
К власти в стране на штыках армии пришел генерал Наполеон Бонапарт, ставший первым консулом Французской республики, а фактически военным диктатором (формально вместе с ним во главе государства стояли еще два консула — Сийес и Роже-Дюко, — но фактически вся власть сосредоточилась в руках Бонапарта).
Наградой Мюрату за его активное участие в перевороте 18 брюмера стало назначение его командующим вновь созданной Консульской гвардией (этот пост он занимал до апреля 1800 года). В январе 1800 года Мюрат породнился с главой государства, женившись на его младшей сестре Каролине. Нельзя сказать, что первый консул был в таком уж восторге от этого брака. Хорошо зная Мюрата, он был очень низкого мнения о его, как принято сейчас говорить, интеллектуальных способностях. «Я просто не могу позволить, чтобы моя семья породнилась с такой посредственностью», — без обиняков заявил он своим родственникам, обосновывая свои возражения против этого брака. Но власти всемогущего диктатора в таком деликатном вопросе оказалось недостаточно. Брак, вопреки желанию Наполеона, все же состоялся. Сестра Каролина, увлеченная красавцем-генералом, показала характер, а сам гасконец проявил присущие ему напор и настойчивость. Немалую роль в этом деле сыграли интриги жены самого Наполеона — Жозефины, которая, находясь во враждебном ей окружении клана Бонапартов, надеялась приобрести в лице бравого генерала своего союзника. Так что Наполеону оставалось лишь жаловаться своим близким: «У него (Мюрата. — Авт.) так мало в голове». Впоследствии Каролина станет злейшим врагом Жозефины и будет всеми силами подталкивать брата к разрыву с нею.
Готовясь к походу в Италию, Наполеон назначает своего зятя командующим кавалерией Резервной армии (апрель 1800 года). В этой должности Мюрат принимает активное участие в Итальянском походе Бонапарта 1800 года. Возглавляя авангард армии, он участвовал в переходе через Альпы, затем одержал ряд частных побед над австрийцами, в том числе занял Милан и овладел Пьяченцей, 2-тысячный гарнизон которой капитулировал; но особенно отличился в сражении при Маренго (14 июня 1800 года), за которое был награжден почетной саблей.