Свое руководство флотом Редер начал с того, что первым делом избавился от некоторых авторитетных адмиралов, которые могли бы составить ему конкуренцию на новом посту. Уволив в отставку своих возможных соперников, он на все руководящие посты в ВМФ назначил своих выдвиженцев и тем самым на многие годы обезопасил себя от какой бы то ни было критики в своем ведомстве.
В 1933 году поддержал приход к власти нацистов, которые выступали за возрождение морского могущества Германии и с которыми он связывал свои надежды на создание сильного флота. Сразу же приступил к реализации своей программы строительства мощного ВМФ. Основной приоритет был отдан крупным надводным кораблям. При этом особые надежды возлагались на т. н. «карманные линкоры», которые «могли бы уйти от любого, желающего их потопить противника, и потопить всякого, кто желал бы от них уйти». Вместе с тем при строительстве флота сохранялся определенный баланс для всех классов кораблей. Было налажено тайное строительство подводных лодок.
В марте 1935 года Гитлер денонсировал Версальский договор 1919 года. Это полностью развязало руки Редеру, сняв все ограничения на реализацию его кораблестроительной программы. 18 июня 1935 года было заключено англо-германское морское соглашение, согласно которому германский ВМФ не должен был превышать 35 % британского, а количество подводных лодок для обеих сторон не ограничивалось.
В 1935 году Гитлер назначил Редера главнокомандующим ВМФ (кригсмарине), а в 1936 году произвел его в генерал-адмиралы. В 1937 году Редер получил из рук фюрера золотой значок почетного члена нацистской партии (НСДАП). В этот период Редер устраивал Гитлера во всех отношениях — прекрасный специалист, отлично знающий свое дело, сосредоточившийся целиком на строительстве флота и не вмешивающийся ни в какие дела, не касающиеся флота.
Строительство нового флота шло полным ходом. В 1936 году были заложены новейшие линейные корабли «Бисмарк» и «Тирпиц». В 1937—1938 годы вошли в строй линейные корабли «Шарнхорст» и «Гнейзенау», тяжелые крейсеры «Блюхер» и «Хиппер», а также целый ряд кораблей других классов. Боевые возможности германского ВМФ существенно возросли. Однако из-за того, что одновременно решался целый ряд других неотложных задач, на которые отвлекались значительные силы и средства, программа строительства флота все время отставала от намеченных сроков. Положение еще более усугубилось с созданием в 1936 году Управления по 4-летнему плану экономического развития страны, которое возглавил Г. Геринг, ненавидевший Редера. Сосредоточив в своих руках руководство всей экономикой, «наци № 2», как называли Геринга, постоянно игнорировал запросы ВМФ. Кроме того, личным врагом Редера являлся и руководитель спецслужб рейха Р. Гейдрих, который в 1931 по инициативе Редера с позором был изгнан из рядов ВМФ за моральное разложение. Теперь он мстил главкому ВМФ и при каждом удобном случае старался насолить ему.
Как и абсолютное большинство старых кадровых офицеров, Редер всегда считал, что армия и флот должны стоять вне политики, что вооруженные силы должны находится на службе государства и защищать его национальные интересы, а не отдельных политических партий. Исходя из этих принципов, он стремился оградить военно-морской флот он нацистского влияния и агентов гестапо, сохранить корпоративный характер его офицерского корпуса. В ряде случаев выступал в защиту евреев, служивших на флоте, не боялся возражать Гитлеру, когда дело касалось флота. Отставание в сроках строительства флота мало беспокоило Редера, т. к. Гитлер лично заверил его, что он, фюрер, намерен в ближайшие годы жить с Великобританией, которая подразумевалась основным противником Германии на море, в мире и дружбе, а германский ВМФ понадобится ему не ранее 1944 года. Когда же в 1938 году появились первые признаки надвигавшейся войны, Редер прямо заявил Гитлеру, что «если война начнется в течение ближайших двух лет, то флот будет к ней не готов». Такое заявление главнокомандующего ВМФ привело Гитлера в ярость. С этого времени началось ухудшение отношений между ними.