В середине июля 1794 года Пишегрю соединился в районе Брюсселя с Самбро-Мааской армией Журдана, только что одержавшей знаменитую победу при Флерюсе (26 июня 1794 года). Вместе они развернули наступление в восточном и северо-восточном направлениях. Под их ударами англо-голландская армия (герцог Йоркский) отступила в Голландию, а австрийская (принц Кобургский) — к Маастрихту.
В связи с изменившейся обстановкой и переходом инициативы к французам Пишегрю получил приказ овладеть Голландией. Наступление Северной армии продолжало развиваться успешно. Ряд фламандских крепостей, в том числе Нимвеген (Неймеген), после короткого сопротивления капитулировал. Голландия вступила в тайные переговоры с французами и отделила свои войска от англичан. Все это, а также неожиданно ударившие сильные морозы, сковавшие льдом многочисленные реки и каналы, еще более способствовали быстрому покорению Голландии. 10 января 1795 года войска Пишегрю перешли реку Ваал. Остатки английских и голландских войск (23 тыс. человек; генерал Л. Вальмоден) повсюду отступали. Штатгальтер (правитель) Голландии оставил свою страну и бежал в Англию. Брошенная на произвол судьбы голландская армия капитулировала. Французская кавалерия захватила голландский флот, оказавшийся запертым в скованных льдом гаванях. Голландия была завоевана. Конвент объявил Пишегрю «спасителем Отечества». Прибывшему в Париж победителю был устроен торжественный прием. Молодой полководец победоносной революционной армии находился в зените своей славы.
Государственный переворот 9 термидора (27—28 июля 1794 года) положил конец якобинской диктатуре. Друзья и покровители Пишегрю — вожди якобинцев во главе с Робеспьером — были свергнуты и погибли на гильотине. Над Пишегрю летом 1794 года сгустились тучи, его репутация ортодоксального якобинца и человека, близкого к верхушке правящей партии, только что отстраненной от власти, была хорошо известна. В этот период он подвергался большой опасности. Но боевые заслуги и покорность новым властям сохранили ему жизнь и свободу. Однако от командования Северной армией после завершения Голландского похода Пишегрю все же был отстранен.
Отозванный в Париж, он вскоре получил назначение на должность командующего Национальной гвардией. Находясь на этом посту, Пишегрю подавил Жерминальское восстание (1—2 апреля 1795 года) санкюлотов (городская беднота) в Париже. Тем самым он делом доказал свою преданность новому режиму — пришедшим к власти термидорианцам, — и вскоре был назначен командующим Рейнско-Мозельской армией. Затем Пишегрю возглавил главное командование над тремя основными армиями Республики. Кроме его Рейнско-Мозельской, в эту группу армий входили Северная (генерал Ж. Моро) и Самбро-Мааская (генерал Ж. Журдан) армии. Всего под его командованием тогда находилось 250 тыс. человек, что свидетельствовало о полном доверии к нему правительства.
Слава Пишегрю к осени 1795 года достигла своего апогея. Впервые за годы революции в руках одного генерала сосредоточивалась такая огромная власть.
Но к этому времени у Пишегрю были уже другие планы. В августе 1795 года к нему явился агент Бурбонов некий Фош-Борель. Он имел поручение склонить молодого генерала к измене Республике и переходу на сторону роялистов. Понимая всю сложность своей миссии, роялистский эмиссар действовал очень осторожно, исподволь. Он знал — нет никаких гарантий, что его тут же не арестуют и немедленно не расстреляют как вражеского агента. Но, к удивлению посланца Бурбонов, он через некоторое время был принят генералом и выслушан довольно благосклонно. В результате Пишегрю согласился вступить в тайную связь с принцем Л. Конде (командир корпуса французских эмигрантов, сражавшихся против Французской республики на стороне ее врагов) с целью снова возвести Бурбонов на французский трон. Следствием предательства Пишегрю явилось то, что почти всю вторую половину кампании 1795 года он практически бездействовал. Осада Люксембурга и Майнца велась вяло. В сентябре 1795 года по приказу из Парижа Пишегрю вынужден был перейти реку Майн, чтобы поддержать наступление Журдана, но действовал по-прежнему пассивно. В результате французы потерпели поражение под Гандшусгеймом (близ Дюссельдорфа) и были вынуждены начать отступление из Германии. Австрийцы деблокировали крепость Майнц и в свою очередь осадили Мангейм. Вскоре эта крепость сдалась. Кампания 1795 года в Германии была проиграна французами.
Странное поведение недавнего пылкого революционера и боевого генерала, придерживавшегося до сих пор только наступательной стратегии и всегда неудержимо рвавшегося вперед, вызвало серьезные подозрения в Париже. В начале 1796 года Пишегрю был смещен с должности. В командование Рейнско-Мозельской армией вступил генерал Ж. Моро. Пишегрю был предложена должность посла в Швеции, но он от нее отказался и удалился в свое эльзасское поместье, откуда еще активнее, чем прежде, продолжал сношения с Конде.