Во главе дивизии участвовал в деблокаде Дюнкирхена (Дюнкерка) и в сражении при Ондскоте (7—8 сентября 1793 года), где был ранен пулей в грудь. В конце сентября 1793 года назначен командующим Северной армией, освободил от осады крепость Мобеж, сражался при Ваттиньи, но вскоре из-за столкновения с комиссарами Конвента, которые требовали от него немедленного перехода в наступление, несмотря на плохое состояние армии, был снят со своего поста. Весной 1794 года назначен командующим Самбро-Мааской армией (90 тыс. чел.), во главе которой одержал знаменитую победу над австрийцами при Флерюсе (26 июня 1794 года) и отбросил противника за Рейн. В 1795 году после осады Журдан взял сильно укрепленную крепость Люксембург, переправился через Рейн и осадил мощную крепость Майнц. Однако эта кампания завершилась для него неудачно. К концу 1795 года армия Журдана была оттеснена противником за Рейн, понеся при этом тяжелые потери. В 1796 году Журдан снова предпринял поход в Германию. Перейдя Рейн, он вновь осадил Майнц, но затем потерпел поражения при Амберге (22 августа 1796 года) и Вюрцбурге (3 сентября 1796 года) и снова был вынужден отступить за Рейн. Две неудачные кампании подряд вызвали во Франции шквал обвинений против Журдана. Поражения, понесенные им, были тем более разительны на фоне блистательных побед, одержанных в 1796 году генералом Н. Бонапартом в Северной Италии. И это при том, что лучшие войска Французской республики находились на Рейне. Журдан был вынужден подать в отставку (29 сентября 1796 года). Один из членов Директории Ларевельер-Лепо выдает тогда генералу убийственную характеристику: «Посредственность, не способная привнести систему в свои действия. Из-за недостатка характера он не мог заставить повиноваться себе командиров дивизий. Неуверенный в себе, нерешительный и теряющий голову при первой неудаче».
Весной 1797 года Журдан был избран в Совет пятисот (нижняя палата Законодательного Собрания Французской республики), в котором попеременно занимал должности секретаря и президента, проявлял высокую политическую активность. В 1798 году по его инициативе Совет пятисот принял закон о конскрипции (воинской повинности).
Осенью 1798 года Журдан оставил политическое поприще, будучи назначен командующим Дунайской армией (ок. 40 тыс. человек).
Перейдя весной 1799 года Рейн, он вторгся в Южную Германию, но вскоре недостаток сил заставил его приостановить наступление. Это вызвало недовольство Директории, потребовавшей от Журдана более решительных действий и одновременно отказавшей ему в подкреплениях. По приказу из Парижа он возобновил наступление, но вел его очень медленно. Противник воспользовался этим, сосредоточил против Журдана вдвое превосходящие силы и в сражении пои Острахе (21 марта 1799 года) нанес ему поражение.
Через 4 дня при Штокахе (25 марта 1799 года), несмотря на большое превосходство противника в силах, Журдан сам атаковал его, но в ходе упорного сражения вновь был разбит и отступил за Рейн. Через несколько дней он был смещен с должности командующего армией. Через месяц снова избран в Совет пятисот, где выступал за продолжение войны и выделение на эти цели достаточных средств.
Во время переворота 18 брюмера 1799 года, в результате которого власть во Франции захватил Наполеон Бонапарт, Журдан занимал нейтральную позицию, но тем не менее как ярый сторонник республиканского строя, а потому считавшийся вероятным противником военного переворота, был включен в список лиц, подлежащих изгнанию из Франции. Но после прихода к власти первый консул Наполеон Бонапарт собственноручно вычеркнул Журдана из этого списка и, желая привлечь его на свою сторону, назначил генерал-губернатором Пьемонта (1800). На этом посту Журдан проявил себя как хороший администратор, полностью оправдав доверие нового властителя. Его усердие и способности не остались незамеченными. В 1802 году он был введен в состав Государственного Совета, а в начале 1804-го назначен командующим Итальянской армией. В этот период Наполеон осыпал его почестями и наградами: 1803-й — орден Почетного легиона, 1804-й — командорский крест ордена Почетного легиона, маршал Франции, 1805-й — Большой крест ордена Почетного легиона (высшая награда наполеоновской Франции).
При коронации Наполеона королем Италии Журдан командовал войсками, собранными по этому случаю в военном лагере близ Кастильона. Но с началом в 1805 году войны с Австрией Наполеон не решился доверить Журдану командование действующей Итальянской армией. Новым главнокомандующим на Итальянском ТВД был назначен маршал А. Массена. Обиженный этим Журдан обратился с жалобой к Наполеону, который успокоил его любезным письмом и вскоре назначил командующим войсками на Рейне (из них формировалась «Великая армия», возглавить которую должен был сам Наполеон). Командной должности в действующей армии в войне 1805 года Журдан так и не получил.