Но после завершения кампании 1800 года в Италии в дружеских отношениях Ланна и Наполеона наступило заметное охлаждение. Не обладавший необходимым интеллектом, Ланн никак не мог понять, что теперь между ним, всего лишь одним из генералов французской армии, и главой государства — первым консулом Французской республики пролегает дистанция огромного масштаба. Он никак не мог взять в толк, что теперь имеет дело не с бывшим близким боевым другом, с которым привык разделять все военные невзгоды, опасности, горечь неудач и радость побед, а с политиком, облеченным властью главы государства. Но Ланн не обращал на это никакого внимания, продолжая по-прежнему демонстрировать свои дружеские отношения с Бонапартом. Иногда дело доходило до курьезов, принимавших скандальный оттенок, когда генерал публично обращался к главе государства на «ты» (от таких фамильярностей на публике воздерживались даже родственники Бонапарта). Наполеон неоднократно пытался объяснить другу неуместность такого поведения в официальной обстановке. Однако привыкший лишь драться с врагом на полях сражений и весьма далекий от понимания «высоких материй» и всякого рода светских нюансов и условностей простодушный сын конюха трактовал все это по-своему. Вывод его был однозначен: бывший друг, которого он когда-то прикрывал своей грудью от смертоносного вражеского свинца и которому бескорыстно помогал взойти на вершину власти, зазнался, предал боевую дружбу и теперь стремился быть «господином», а своим бывшим боевым друзьям хочет отвести роль барских холопов.
Кроме того, Наполеона крайне раздражали неоднократные попытки Ланна вмешиваться в вопросы государственной политики, в том числе и кадровые. Первый консул, являвшийся фактически единовластным правителем государства (два других консула решающей роли не играли), в любом деле ценил прежде всего профессионалов, специалистов своего дела и всегда стремился внимательно выслушивать их рекомендации, мнения и пожелания. Ланн же, абсолютно не разбираясь в существе вопросов, нередко пытался давать первому консулу свои советы (например, по вопросам законодательства, промышленности, международных отношений, финансов и т. п.), которые зачастую оказывались совершенно некомпетентными, а на возражения Наполеона, что они противоречат мнению специалистов, предлагал «поменьше слушать этих людей». Первый консул, конечно, отклонял подобного рода «рекомендации» своего друга, что вызывало с его стороны крайнее недовольство. Чтобы убедить Ланна в несостоятельности выдвигаемых им предложений, Наполеон обычно, проявляя завидное терпение, пытался разъяснить ему свою позицию по тому или иному вопросу, но тот в большинстве случаев проявлял невосприимчивость к любого рода доводам. Поэтому довольно часто все дело заканчивалось тем, что первый консул резко обрывал разговор, не желая тратить время на доказывание очевидных истин. Естественно, консенсуса не получалось. Обладавший взрывным и импульсивным характером гасконец все чаще и настойчивее высказывал Бонапарту свое недовольство складывающимися между ними отношениями, упрекал первого консула в пренебрежении дружбой, беседы между ними нередко заканчивались самой банальной перепалкой.