В кампании 1797 года Лефевр командовал правым крылом Самбро-Мааской армии. При переходе через Рейн его войска штурмом взяли укрепленные позиции австрийцев у Бендорфа (18 апреля 1797 года). За этот подвиг он удостоился особой благодарности Директории. Затем успешно действовал при Кальдейхе, Фридберге, Бамберге и Зульцбахе. Развивая успех, войска Лефевра развернули наступление на Франкфурт-на-Майне. Их передовые части уже завязали бои на подступах к этому городу, когда пришло известие о заключении Леобенского перемирия (18 апреля 1797 года). После смерти командующего армией генерала Гоша Лефевр вступил во временное командование Самбро-Мааской армией (сентябрь 1797 года).
После заключения Кампоформийского мира (17 октября 1797 года) и окончания войны с 1-й антифранцузской коалицией, продолжавшейся 5,5 лет, Лефевр, уже отдавший военной службе 25 лет, подал в отставку, но получил отказ. Военный министр лично начертал на поступившем к нему рапорте «гражданина генерала», что «еще не пришло время выпускать из рук оружие».
Весной 1799 года, когда началась новая война, на этот раз со 2-й антифранцузской коалицией, Лефевр возглавил авангард Дунайской армии (генерал Ж. Журдан). Во главе его он успешно сражался при Гольцкирхене, Нейвиде, Зибене и Бахауптене. Доблестно сражался в сражении при Остерахе (21 марта 1799 года), где в очередной раз был ранен.
В сражении при Штокахе (25 марта 1799 года) с 8-тысячным отрядом выдержал мощный натиск 30-тысячного австрийского корпуса. Но в этом несчастливом для французов сражении Лефевр вновь был ранен. Ранение оказалось тяжелым, и храбрый генерал был вынужден покинуть действующую армию, будучи эвакуирован в глубокий тыл.
Оправившись через несколько месяцев от раны, Лефевр прибыл в Париж, где был принят Директорией с большим почетом и назначен командиром 17-й дивизии, составлявшей парижский гарнизон (август 1799 года). На этом посту он сыграл одну из ключевых ролей в государственном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), в результате которого был свергнут режим Директории и к власти во Франции пришел генерал Наполеон Бонапарт. До этого времени пути Лефевра и Бонапарта нигде не пересекались, и старый служака не был лично знаком со знаменитым генералом, имя которого тогда было у всех на устах.
Положение Лефевра накануне переворота было таково, что кандидату в диктаторы, каковым по существу являлся Бонапарт, крайне необходимо было заручиться поддержкой командующего столичным гарнизоном или хотя бы нейтрализовать его. От позиции Лефевра зависело очень многое. Он мог без особого труда подавить любое выступление против существующей власти, и Бонапарт это прекрасно понимал. Поэтому его окружение бросило все силы на то, чтобы привлечь на свою сторону Лефевра. Наконец подход к последнему был найден, и Бонапарт приглашает командующего парижским гарнизоном на обед в свою резиденцию — особняк на улице Победы. Здесь корсиканец в полном блеске проявляет свои дипломатические способности и актерский талант. Наговорив генералу кучу любезностей и, добившись его расположения, Бонапарт сразу же переходит в лобовую атаку. «Итак, Лефевр, вы из тех, кто поддерживает Республику. А хотите ли вы, чтобы она погибла в руках всех этих “адвокатишек”? Я призываю вас присоединиться ко мне, чтобы спасти ее!»
С этими словами он снимает с себя привезенную из Египта драгоценную великолепной работы саблю и протягивает ее Лефевру. «Держите! Эта сабля была со мной в сражении при Пирамидах, и я вручаю ее вам как свидетельство моего уважения и доверия!» При виде такого щедрого подарка не раз смотревший смерти в лицо старый вояка до того растрогался, что на его глазах выступили слезы. Приняв от Бонапарта бесценный подарок, он тут же заверил его, что «перетопит всех этих адвокатишек в Сене».
С переходом Лефевра на сторону Бонапарта успех переворота был обеспечен. Директория оказалась беззащитной перед лицом заговорщиков, и ее судьба была предрешена. На следующий день Лефевр предоставил расквартированные в столице и ее окрестностях войска в полное распоряжение Бонапарта. Резиденция Директории — дворец Тюильри — была окружена войсками, а 6 тыс. солдат, возглавляемых Лефевром, двинулись в Сен-Клу, где проходили заседания республиканского парламента (Совета пятисот и Совета старейшин).