Несмотря на этот провал, Волльвеберу удалось воссоздать свою группу в Германии, которая вскоре продолжила диверсионную деятельность. Перед самым началом второй мировой войны агенты Волльвебера установили мины с часовым механизмом на судах, перевозивших нацистские грузы.
Гестапо и западные контрразведки служили для Волльвебера далеко не единственной причиной беспокойства в предвоенные годы. Ведь это было время сталинских «чисток» в России. И они чуть было не разрушили созданную им организацию. В течение шести месяцев Волльвебер не имел с Москвой никакой связи. В отчаянии он послал специального курьера к своему старому другу, руководителю Коминтерна, лидеру болгарских коммунистов Георгию Дмитрову. Но тот был не в состоянии чем-либо помочь. Волльвебер решил, что единственный выход для нею — распустить группу, как вдруг штаб-квартира службы госбезопасности в Москве возобновила с ним контакты, словно и не было столь продолжительной паузы.
К этому времени сеть Волльвебера была абсолютно независимой, способной к самостоятельным действиям. В начале своей деятельности Волльвебер поддерживал связь с парижской штаб-квартирой советской разведки, снабжавшей его поддельными документами, взрывчаткой и другими необходимыми материалами. Но он считал, что это небезопасно. Поэтому он прервал контакты практически со всеми советскими разведывательными группами на Западе. Не более одного человека знали детали операций, которые он готовил. Волльвебер настаивал на том, чтобы легенды курьеров и агентов были продуманы до мелочей. Так что в отличие от других организаций они не лопались даже на самом детальном допросе.
Он был против письменных отчетов. Его курьеры передавали информацию устно. В случае, если письменные отчеты были все же необходимы, они писались невидимыми чернилами — лимонным или луковым соком.
Каждый член Лиги имел по крайней мере одно запасное имя. Работали они через многочисленных связных, ничего не знавших ни о Волльвебере, ни о его ближайшем окружении. По всей Европе были спрятаны взрывчатка и другие материалы, которые в любой момент можно было достать. Почти все его люди были профессионалами, работавшими ранее в области техники, многие из них доказали преданность делу Советов во время гражданской войны в Испании. Использовался личный шифр Волльвебера, по которому «мясо» означало динамит, а «нож» — бомбу с часовым механизмом.
Серьезный удар лиге Волльвебера был нанесен, когда весной 1940 года немцы оккупировали Норвегию и Данию. Многие члены организации были арестованы в Копенгагене и преданы суду по обвинению в диверсиях.
Единственным оставшимся безопасным местом стала Швеция, и в начале мая Волльвебер, скрывавшийся с тех пор, как немцы взяли Данию, перебрался в Скандинавию. Не успел он вступить на нейтральную землю Швеции с фальшивыми документами, по которым значился подданным Дании Фритцем Келлером, как его арестовали и приговорили к шести месяцам тюрьмы.
Несмотря на отсутствие самого Волльвебера, его организация продолжала действовать. Подписание пакта Молотова — Риббентропа не остановило деятельность его Лиги против судов стран оси. К концу 1940 года операции Лиги стали главной проблемой для нацистских властей, и Рейнхард Гейдрих, шеф Главного управления имперской безопасности, вынужден был даже делать по этому поводу специальный доклад.
Лига Волльвебера, по словам Гейдриха, который называл ее не иначе как «коммунистической террористической организацией, действовавшей по всей Европе», была виновна в авариях на шестнадцати немецких, трех итальянских и одном японском судах. Основной метод диверсантов — устройство пожара в грузовом отсеке судна. Два из вышеупомянутых судов были уничтожены полностью, в остальных случаях ущерб оказался значительно меньше.
Главными центрами диверсионной работы людей Волльвебера были Гамбург, Бремен, Данциг, Роттердам, Амстердам, Копенгаген, Осло, Рига и Ревель. В Голландии диверсантами руководил коммунист, владевший интерклубом в Роттердамской гавани. Взрывчатка поступала из северной Скандинавии, вероятнее всего, из района добычи железной руды в Швеции.
В вышеназванном докладе Гейдриха говорилось, что его агенты обнаружили секретные базы Лиги Волльвебера на балтийских островах Дате и Озель. Эти базы должны были начать действовать в случае оккупации немцами этих островов или в случае начала войны между СССР и Германией.
Из допросов арестованных в Дании членов организации Гейдрих смог сделать вывод, что следующие операции будут направлены против немецких баз подводных лодок, расположенных вдоль берегов Северо-Западной Европы, против нефтяных танкеров, находящихся в гаванях, а также против складов немецких военно-воздушных сил.
Есть свидетельства, по которым можно предположить, что некоторые группы организации Волльвебера были связаны с коммунистической частью движения Сопротивления во Франции, а также в других странах, и внесли ценный вклад в дело Союзников после начала войны Германии против России в 1941 году.