Таким образом, точка зрения «военной оппозиции», несмотря на попытки замаскировать ее различными туманными формулировками и оговорками, по существу, сводилась к продолжению борьбы против линии В.И. Ленина и ЦК РКП(б) на широкое использование опыта и знаний военных специалистов для создания массовой регулярной Красной Армии.
В связи с большим количеством записавшихся для выступления в прениях по военному вопросу, съезд принял решение перенести их на заседания военной секции, в работе которой приняли участие 85 делегатов; заседания секции проходили 20 марта (одно) и 21 марта (два). В ходе развернувшихся прений представители «военной оппозиции» выступили против курса ЦК РКП(б) и Советского правительства на широкое привлечение бывших генералов и офицеров, так как это якобы вело к восстановлению в Красной Армии
По мнению А.Ф. Мясникова, военных специалистов следовало использовать только в роли консультантов,
Несмотря на то что в тезисах «военной оппозиции» содержались отдельные предложения, направленные на укрепление Красной Армии (улучшение партийно-политической работы, комплектование военно-учебных заведений рабочими и трудящимися крестьянами и т.д.), в целом ее платформа по наиболее принципиальным вопросам военной политики партии являлась несостоятельной и практически ошибочной.
Выступившие в прениях член Реввоенсовета 10-й армии А.И. Окулов, член Реввоенсовета 7-й армии и военный комиссар Петроградского военного округа Б.П. Позерн, председатель Всероссийского бюро военных комиссаров К.К. Юренев и др., поддерживая по военному вопросу линию ЦК, подвергли аргументированной критике взгляды «военной оппозиции», в том числе в отношении военных специалистов. Так, критикуя Реввоенсовет 10-й армии за игнорирование указаний ЦК партии о привлечении военных специалистов, Окулов указал, что Красная Армия может существовать как армия регулярная