Во время налета американской авиации на Берлин 31 января 1945 года здание на Принц-Альбрехтштрассе, в подвалах которого содержался Гальдер (а также другие арестованные), было сильно повреждено. Через два дня состоялся еще один налет, после которого содержать здесь арестованных стало просто невозможным. В связи с этим Гальдер и другие заключенные были перевезены на юг Германии, в концентрационный лагерь Флоссенбург. 9 апреля Гальдера перевели в Дахау, где он попал в специальный флигель для привилегированных заключенных. Здесь он, кстати, встретился со своей супругой. Положение заключенных в Дахау было значительно более либерально, чем в том же Флоссенбурге, они даже имели возможность общаться друг с другом. В общем в Дахау уже оказались те, против кого особо серьезных обвинений не было: они считались «врагами государства», но не столь опасными, чтобы их уничтожать, их надо было лишь изолировать от общества.
Перипетии Гальдера в последние дни Третьего рейха напоминали авантюрный роман. Американские войска быстро продвигались к Мюнхену, а оттуда до Дахау было всего с полчаса на машине. Поэтому руководство концлагеря получило приказ вывезти особо важных заключенных подальше от военных действий. Два транспорта отправились из лагеря 24 и 27 апреля. Они миновали Розенхейм, Инсбрук и 28 апреля прибыли в деревушку Нидердорф, располагавшуюся вблизи от южнотирольского городка Тоблах. Заключенные были спасены благодаря одному из своих коллег по несчастью – полковнику фон Бонину. У него не успели отобрать военную форму, и он, ускользнув от растерявшихся охранников, добрался до телефона и связался со штабом группы армий «Ц». Начальником штаба являлся генерал танковых войск Ганс Рёттигер, который в 1938–1939 годах служил под началом Гальдера в Генштабе. Возможно, это знакомство также сыграло свою роль, и Рёттигер отдал приказ оставить заключенных в покое. Нидердорф был занят частями вермахта, и эсэсовцам ничего не оставалось, как подчиниться, выполнять приказ Гиммлера «не допускать их в руки врага, а убить» они также в общей суматохе не собирались.
5 мая 1945 года Нидердорф был занят частями 7-й армии США и заключенные попали в руки американцев.
Как бывший высокопоставленный военнослужащий вермахта Франц Гальдер был немедленно объявлен военнопленным, что вызвало у него очередной приступ обиды – он заявил, что официально уволен с военной службы и ему должны предоставить статус интернированного, американцы заявление проигнорировали. Сначала его поместили в симпатичную гостиницу на Прагерзее, а затем через Верону и Рим доставили в Неаполь. За короткое время Гальдеру пришлось сменить несколько мест заключения – Капри, Казерта, Адверде, – пока его наконец в середине июня 1945 года не доставили через Париж во Франкфурт-на-Майне. В следующем месяце Гальдера привезли в Висбаден, а затем – в лагерь для военнопленных Фалькенштейн. Через два месяца американцы временно передали Гальдера английским следователям, которые увезли бывшего начальника Генштаба в Англию, поселив со всем комфортом в одном из замков в районе Лондона. Англичане провели серию допросов и в январе 1946-го вернули Гальдера американцам. Теперь его перевезли в Нюрнберг, где как раз был в самом разгаре процесс Международного военного трибунала над главными военными преступниками. Здесь Гальдера поместили в маленькую неудобную камеру в подвале Дворца юстиции, что вновь вызвало его стенания о необоснованных преследованиях. В Нюрнберге Гальдер пробыл, давая показания, до августа, после чего был отправлен в лагерь Аллендорф, под Марбургом, где размещался переведенный из Франкфурта военно-исторический отдел штаб-квартиры Армии США, занимавшийся написанием истории Второй мировой войны.