По сравнению с предыдущим периодом появились и новые моменты. Так, отряд, действовавший в Чечне, был, как и в Афганистане, укомплектован боевой техникой. Для связи с группами, находящимися на задании, выдавались мобильные телефоны. Также впервые в подразделениях спецназа стали использоваться военнослужащие-контрактники. Но после окончания первой чеченской войны денежная оплата по контрактам была резко уменьшена, и опытные бойцы-контрактники стали увольняться с военной службы, а на их место снова пришли бойцы-срочники. Но все же уровень боевой подготовки вырос. Появились контакты со спецназом других стран.
Между тем обстановка продолжала накаляться. К концу 1997 года стало ясно, что первым регионом, который попытаются захватить ваххабиты, будет республика Дагестан. Поэтому в начале 1998 года в город Каспийск был направлен 8-й отдельный отряд специального назначения из 22-й отдельной бригады. Спустя несколько месяцев ему на смену пришел 3-й отряд. Они сменяли друг друга до августа 1999 года, когда нападение все же произошло. Бойцы спецназа вели разведку местности, изучали систему охраны границы с чеченской стороны, выявляли каналы торговли оружием и пути реализации «левых» нефтепродуктов. С началом боевых действий спецназ занимался тем, в чем и состоит его предназначение— разведкой и диверсиями в расположении боевиков. Группировка специальных войск была усилена отрядами из всех военных округов, действиями которых руководил командир 22-й отдельной бригады спецназа.
После подавления вторжения боевиков в Дагестан спецназ вместе с остальными войсками вошел в Чечню. Занимался он в основном разведкой, подменяя войсковую разведку. В последующем спецназ стал действовать как обычно — вести поиск, устраивать засады, совершать налеты на базы боевиков, досмотры с применением вертолетов, проводить операции по борьбе с мародерами. По оценкам тех, кто воевал в Чечне, в том числе и сотрудников ФСБ, доблестней спецназа ГРУ там не воюет никто. В апреле 2001 года 22-я отдельная бригада спецназа получила звание гвардейской — первая воинская часть, которой присвоено это звание после Великой Отечественной войны.
Части и соединения спецназа, участвующие в двух чеченских войнах