Это громадная перемена совершилась всего за несколько месяцев. В августе 1551 г. Щигалей уже утвердился на казанском престоле. А русский гарнизон, оставленный на Свияге, возглавил князь Микулинский. Его, как тогда говорили, посадили в новом городе на «годование» — боевое дежурство, длившееся год. И за сохранность главного форпоста России на востоке теперь отвечал он.
Семену Ивановичу досталась беспокойная должность. Зимой город жил бедно, припасов не хватало. Люди умирали от голода, жестоко страдали от цинги. Но отвод русских войск со Свияги обернулся бы катастрофой. Щигалей сидел в Казани непрочно. Человек жестокого нрава, он конфликтовал с подданными. Подливало масло в огонь и то, что русских пленников, оставшихся у местных, после отхода большой рати князя Булгакова, отдавали очень неохотно. А Иван IV нажимал в посланиях к Щигалею: если на русскую землю не вернется хотя бы один христианин, то ему придется вновь применить силу. Часть казанской знати обратилась к Ивану Васильевичу с просьбой дать Казани русского наместника вместо непопулярного «царя» Щигалея.
И Щигалей продержался недолго. В марте 1552 г. он сошел с Казани. Обещая местным «мурзам» и «уланам» мирное прощание, он попросил сопроводить его до Свияжска. Но дойдя до русского города, он велел взять под стражу 84 знатных людей.
Своевольная казанская «аристократия» не имела единого мнения: принять ли действительно русского наместника или же вернуть себе независимость? Переговоры с князем Микулинским велись сначала в самом благожелательном тоне. Вроде бы Казань готовилась подчиниться ему, как представителю Ивана IV. Однако потом в городе произошли волнения, и верх взяли противники подчинения. Старая договоренность оказалась нарушенной. Семена Ивановича не пустили в Казань. Он приказал арестовать представителей города, но посадов пока не жег и к стенам не приступал. Отчасти он надеялся все-таки окончить дело миром, отчасти же просто вел себя осторожно: за его спиной стояла Москва с ее многотысячными ратями, но здесь, в Свияжске, князь располагал лишь маленьким воинством полумертвых от цинги людей. Семен Иванович старался сохранить силы для обороны своей деревянной крепости, если дело дойдет до настоящей войны.
Так и произошло. Казанцы, осмелев, попытались вернуть силой «горную черемису», перешедшую под власть русского царя. Почуяв слабость свияжского гарнизона, местные князьки принялись баламутить народ: не перекинуться ли опять под руку Казани?
Князь Микулинский отправил отряды для блокирования «перевозов» через Волгу и запросил немедленной подмоги у Москвы. С великим поспешением помощь ему была отправлена, и прибыла она вовремя. Казанская земля превратилась в кипящий котел. «Черемиса» изменила вся, полностью. На русские отряды постоянно совершались нападения, пленники подвергались казни, исчезали «воеводские стада». В Казань тайно пробрался астраханский и ногайский «царевич» Едигер, ставший новым казанским ханом. Во всей этой кровавой каше единственным несокрушимым оплотом русской власти оставался Свияжск. Семен Иванович держал его крепко и не собирался отступать.
Учитывая прибывшее на помощь войско, в распоряжении русских оказалось около 15 000 конницы да несколько тысяч стрельцов. Явно недостаточно для того, чтобы контролировать все казанские земли. В Москве пришли к выводу: нового большого похода не избежать. И начали готовить армию.
Митрополит Макарий, желая укрепить сердце князя Микулинского и дух его подчиненных, отправил в Свияжск послание, написанное в мае 1552 г. В нем митрополит увещевал войско, больше года простоявшее вдалеке от семей и родных домов, удерживаться от содомского греха. Макарий требовал также у воеводы и всего свияжского гарнизона соблюдать Господни заповеди, быть образцом христианской добродетели в земле, на которую должен быть распространен свет православия. В послании, среди прочего, говорилось: «Чада! Вам следует исполнять евангельские заповеди и апостольское и отеческое предание. Вы обязаны также учить и наказывать во благо тех, кто вам подвластен, поскольку вы — голова, и не попускайте прочим заблудить от истинного пути Божия».
Наконец отряды для очередного похода соединились.
Летом 1552 г. на Казань пошла новая русская армия, собравшая в кулак вооруженные силы всего государства. С нею шел и сам Иван IV. Поход безуспешно пытались сорвать крымцы, но были отброшены под Тулой. Русские полки неотвратимо двигались к своей цели.
Тем временем на территории Казанского ханства готовили отпор. Бунтовавшая «черемиса» начала собираться для контрудара, но князь Микулинский, узнав об этом, вышел из Свияжска и разгромил ее. В июле об этом доложили Ивану IV, а в августе воевода уже и сам встречал царскую рать в Свияжске. К гарнизону присоединилось 4000 черемисских бойцов под командой «замиренной» знати.