На северном берегу бухты находилась татарская деревушка Ак-яр («Белый овраг») из 9 мазанок, жители которой разбежались при появлении русских. Фрегаты стали на якоря близ этого места, а в оставленных домах временно разместились их экипажи. Матросы построили для себя небольшую казарму, вырыли четыре колодца. В соседней балке провели килевание фрегатов – наклонили их на борт для очистки днища и киля от наросших ракушек и водорослей. В течение зимы экипажи кораблей промерили глубины бухты, составили ее описание и карту. Теперь, после проведенных обследований, сюда можно было перебазировать боевое ядро флота.
11 января 1783 года Екатерина II подписала рескрипт о введении должности командующего Черноморским флотом. Таким образом,
Командующему необходимы были помощники. «Мы не преминем назначить и прочих флагманов в команду его», – говорилось в указе Екатерины. Поэтому сначала под команду Федота Клокачева отправились контр-адмиралы Томас Меккензи и Роберт Дугдаль, а следом за ними, по повелению Екатерины и решению Адмиралтейств-коллегии от 6 апреля, – капитан 2-го ранга Марко Войнович и его соратник по Архипелагу капитан 1-го ранга Панаиоти Алексиано.
В начале мая Клокачев получил ордер с предписанием принять под свое командование не только флот, но и Херсонские верфи, оказавшиеся в запущенном состоянии. Увиденную им в Херсоне картину Клокачев ярко живописал вице-президенту Адмиралтейств-коллегии графу И.Г. Чернышеву: «…корабли нашел в малом построении, паче что еще и недостаточно к строению всякого звания лесов… В проезд же мой довольно количество видел лесов, разбросанных при речках в воде, из которых от давнего лежания без бережения много совершенно сгнило. Был я во всех магазинах, чтобы видеть припасы, материалы, однако неожиданно сыскал почти порожние… словом сказать, сей порт нашел и в бедном, и в беспорядочном состоянии». Потемкин писал Екатерине, что один мастер корабельный – честный человек, прочие все были воры.
Императрица предписывала к началу 1783 года закончить постройку семи линейных кораблей, но на стапелях в Херсоне находились всего лишь два
Другой корабль (названный потом «Слава Екатерины»), заложенный 26 мая 1779 года, стоял с наполовину прогнившей обшивкой. Руководил строительством талантливый корабельный мастер С.И. Афанасьев, но из-за плохой организации работ выпуск корабля затянули на целых 4 года
Командиром Херсонского порта Потемкин временно назначил только что произведенного в капитаны 1-го ранга Марко Ивановича Войновича, «известного храбростью и честностью, командира строившегося корабля «Слава Екатерины» (историк А. Соколов).
Канцелярская работа в конторе Марко Ивановичу, боевому офицеру, была тягостна, он даже слегка посетовал на свою участь в письме графу Чернышеву: «Вашему Сиятельству небезызвестно, что я определен командиром на корабль «Слава Екатерины», который однако ж еще на берегу; сверх того сижу здесь и за красным сукном подписываю указы, определения, промемории и кладу резолюции, да и разные подряды делаю; и хотя я никогда не думал матросскую свою любезную должность мешать с приказными хлопотами, но вижу, хотя и скучно, но не дурно знать, как поворачивать нашею братиею. Однако ж, со всем тем с нетерпеливостью ожидаю своего приемника капитана над портом, чтоб паки о любезном своем ремесле думать, к коему привык и которое для меня столь лестно».
На счастье Марко Ивановича, в конце июля его в Херсонском порту сменил прибывший по именному указу императрицы капитан 1-го ранга А.П. Муромцев. Войнович вернулся на прежнюю должность и принял участие в спешной достройке своего корабля – и 16 (27 по новому стилю) сентября в торжественной обстановке 66/68-пушечная «Слава Екатерины» была спущена на воду.
Но еще в начале месяца в городе стала распространяться чума. Интенсивность эпидемии в Херсоне была пока незначительной, но вице-адмирал Клокачев уже не решался отправлять корабль «Слава Екатерины», дабы исключить возможность занесения чумы в Севастополь.