Пробыв в Севастополе две недели, леди Кравен отправилась в Константинополь. Граф Войнович проводил ее из гавани на своем катере, чем заслужил лестный отзыв и пожелание «оказать в скором времени на море свою храбрость». В одно время с леди город посетил и француз Шарль-Жильбер Ромм, будущий знаменитый якобинец, тоже оставивший дневник, где отметил: «Граф Войнович сопровождал нас в своей шлюпке в поездке к развалинам древнего Херсонеса. Этот город был расположен на самой западной точке порта, при выходе из него в море. Развалины этого знаменитого поселения были столько раз перерыты г-ном Мекензи в поисках античных монет и каменных плит, из которых строят новый город, что путешественник находит там лишь груды камня».
В апреле – мае Войнович с эскадрой выходил в практическое плавание, но лето суда провели в бухте, так как их команды занимались строительством новой базы.
В сентябре флот понес первую серьезную утрату – при переходе из Херсона в Севастополь, новый 66-пушечный корабль «Александр» из-за навигационной ошибки налетел на камни у мыса Тарханкут. Команда спаслась почти вся, но корабль был разбит волнами. Командира «Александра» приговорили к ссылке на галеры; впоследствии, однако ж, он был прощен императрицей.
Уже под самый Новый год в Севастополь вместе с Потемкиным заехал весьма необычный гость – Себастьян-Франсиско де Миранда, возглавивший борьбу за независимость Венесуэлы от испанцев. Путешественники, как пишет сам венесуэлец, «обедать направились в барак, где живет начальник гарнизона, капитан первого ранга граф Войнович – уроженец Боки Которской, принадлежащей Венеции». Вскоре после этого визита Марко Иванович перебрался жить в небольшой одноэтажный дом адмирала Мекензи.
В начале следующего, 1787 года Марку Ивановичу были подарены земли при Ак-Мечетской гавани. В ордере, подписанном князем Потемкиным в феврале, говорилось: «…Флота Капитана I ранга, Кавалера Графа Войновича отвести во владение земли при Ак-Мечетской гавани со всеми угодьями и татарскими строениями и выдать на оную надлежащий план».
(В 1789 году земельная комиссия отмежевывает и выдает Войновичу план на земли при Ак-Мечетской бухте с деревнями Ак-Мечеть и Чокур площадью 2904 десятины под названием Ак-Мечетской дачи. Из-за большой занятости Марко Иванович в Ак-Мечети бывал считаные разы. По документам известно, что «…у графа при Ак-Мечетской гавани имеется обветшалый каменный дом, несколько сараев для загона овец, сеть кустов виноградных лоз».)
Весной командующий Войнович вывел корабли на внешний рейд, где занимался боевой подготовкой эскадры.
В эту же пору Екатерина II совершила путешествие в завоеванный Крым c посещением Севастополя, что имело особое политическое значение. Недавно состоявшееся присоединение полуострова к России встревожило Турцию и Европу. В ответ Екатерина по настоянию Потемкина и предприняла демонстративную поездку на юг. Путешествие должно было показать твердость русской политики и готовность России защищать свои новые территории.
К приезду императрицы был заранее вызван из Константинополя наш посол Я.И. Булгаков
Корабль русского посла бросил якорь в карантинной бухте Севастополя, откуда и начинается повествование Людольфа: «Командир флота, граф Войнович, явился встретить г. Булгакова и заявил нам, что мы должны пробыть в карантине пять дней. Граф показался мне человеком любезным; он свободно говорит на нескольких языках и приобрел себе такую репутацию, которая естественным образом доставила ему и тот пост, который он занимает, и знаки орденов Св. Владимира и Св. Георгия…
Вот мы и вне карантина; я не скажу, чтобы мы вздыхали о том, чтоб он поскорее кончился, потому что он продолжался всего пять дней, которые мы провели весьма приятно, не будучи нисколько стесняемы в наших прогулках. Сегодня нас окончательно выпустили на свет. Губернатор Крыма и его брат генерал Каховский приезжали после, чтобы видеться с г. Булгаковым; они его старинные друзья… Господ этих сопровождал граф Войнович, и часов в 11 мы сели в его шлюпку, которая и отвезла нас в Севастополь, где мы и поехали к нему. Домик у него хотя и невелик, но довольно удобный; он был выстроен в английском вкусе покойным адмиралом Мекензи и готовился для Императрицы; зато это единственный дом, в котором возможно жить».
Вернувшись через полтора месяца в Севастополь из поездки по Новороссии, Людольф писал: «Граф Войнович принял нас с обычными ему учтивостью и любезностью; он доставил нам очень хорошее помещение, и каждый день мы обедаем у него». Когда же Людольфу настало время отправляться в Константинополь, Войнович дал в честь его и посла короля Обеих Сицилий бал и большой ужин в палатках, продолжавшийся до 4 часов утра.