«Не следует пренебрегать их морскими силами, как это доказывает взятый у них превосходный корабль «Иоанн Предтеча»; их матросы из христиан очень хороши, и хотя многие Офицеры не отвечают своему назначению, у них тоже имеются [свои] «Сейтали». Тот недостаток, что они устанавливают на палубах своих судов пушки различных калибров, может быть легко исправлен. Неправда, что они боялись нашего флота в пору его детства, и, как
Но в апреле 1794 года в Варшаве вспыхнул мятеж, быстро распространившийся по всей Польше и Литве. По приказу государыни Суворов был направлен на подавление мятежников. Осуществление «греческого проекта» пришлось отложить. После подавления повстанцев и русско-прусско-австрийского раздела Речи Посполитой на 1797 год была запланирована новая операция по захвату Босфора. Первым шагом по ее реализации было вторжение в 1796 году войск Валериана Зубова в Персию с последующим их продвижением в глубь Анатолии. Императрица в уже цитировавшемся нами манифесте об объявлении войны с Персией сочла нужным припомнить и «оскорбления Графа Войновича». Этот факт можно рассматривать и как косвенное извинение с ее стороны за незаслуженное отстранение героя Фидониси. Однако вскоре Екатерина скончалась, и столь удачно начавшееся мероприятие было свернуто.
В том же, 1796 году Марко Иванович по Высочайшему приглашению вернулся в Россию и был тепло принят новым императором Павлом, наметившим большую программу по восстановлению и развитию флота, пришедшего в упадок. Войнович был назначен командующим Днепровской флотилией и верфей в Херсоне, главного порта Черноморского флота. На верфях начался настоящий бум судостроения: галеры заменялись быстроходными канонерскими лодками, а 60-пушечные корабли намечено было постепенно выводить в резерв и заменять в эскадрах 74–80-пушечными.
В следующем году по Высочайшему повелению Марко Иванович стал членом Черноморского адмиралтейского правления и 23 сентября произведен в вице-адмиралы, а в 1801 году, 14 марта, в адмиралы. К тому же император наградил Войновича орденом Св. Иоанна Иерусалимского и произвел в командоры Мальтийского ордена. (Во время правления Павла I орден Св. Иоанна Иерусалимского стал, по существу, высшим знаком отличия, жалуемым за гражданские и военные заслуги. Пожалование же командорства превосходило по своему значению даже награждение орденом Св. Андрея Первозванного, так как этим выражалось личное благорасположение государя.)
Последние годы службы Марко Иванович занимался образованием и воспитанием молодых моряков. При Екатерине специального мореходного училища для торгового флота на юге не было, и на коммерческих судах служили выпускники училищ военных, тем более что нередко торговые экспедиции осуществлял флот. После вступления на престол Павла I многое в организации флота менялось, в частности, перемены коснулись образования моряков. В 1798 году Комитет образования флота, созданный по повелению императора, посчитал, что в Николаеве морской корпус не нужен, ибо на Балтике офицеров готовят в достаточном количестве, но признал нужным учредить училище для штурманских учеников и учеников корабельной архитектуры.
В августе император утвердил штат училища. Во главе его должен был стоять флагман с капитаном 1-го ранга в качестве помощника. Штурманское училище рассчитывали на 271 воспитанника, кораблестроительное – на 50. В учебном штате должны были состоять профессор математики, преподаватели морского дела и корабельной архитектуры из числа штурманов и корабелов. Кроме специальных морских предметов, теории и практики по специальности, воспитанникам предстояло изучать русский и английский языки, рисование.
Первым директором Черноморских штурманского и корабельной архитектуры училищ назначили адмирала Марко Ивановича Войновича, «известного боевого моряка и исследователя Каспийского моря» (историк А. Соколов). На начало 1801 года в училище насчитывалось 440 учащихся. Воспитанников учили рисованию, черчению, фехтованию, русскому языку. Отлично закончивших выпускали из штурманского училища штурманами с офицерскими рангами, а из училища корабельной архитектуры – в галерные, ластовые и машинные подмастерья в зависимости от успеваемости.