Для многих местных отделений военной контрразведки войск «завесы» переход в подчинение Военному контролю Наркомвоена явился формальным актом. Он выразился лишь в перемене названия. Другие органы претерпели изменения или ликвидированы. Прежние сотрудники были уволены, а уличенные в антисоветской деятельности — арестованы. Так, в октябре 1918 года в связи с арестом органами ВЧК в Петрограде нескольких работников морского ведомства обнаружилась предательская деятельность заведующего морской регистрационной службой А. И. Левицкого, его помощника Сыробоярского, начальника Военно-морского контроля А. И. Абрамовича и некоторых других ответственных работников военно-морской контрразведки. Принимавшие участие в арестах прикомандированный к ВЧК член ВЦИК В. Э. Кингисепп и начальник Военного контроля Наркомвоена М. Г. Тракман, ознакомившись с материалами, изъятыми при аресте, пришли к единому мнению, что Военно-морской контроль являлся «филиальным отделением английского морского генштаба». Отделение Военно-морского контроля было сформировано заново.
Нельзя не отметить, что в целом количество органов военной контрразведки по сравнению с масштабом шпионско-подрывной деятельности против Красной Армии в то время было явно недостаточным. Их насчитывалось по стране всего 5 отделов, 14 отделений и 32 пункта. Поэтому одновременно с реорганизацией и централизацией существующих органов создавались и новые органы военной контрразведки. Эта работа на фронтах, в армиях и округах проводилась под руководством и при непосредственном участии военных комиссаров и членов реввоенсоветов фронтов и армий. Большую помощь оказывали также политотделы фронтов и армий, губернские и другие местные комитеты партии. Суть всех организационных преобразований органов военной контрразведки заключалась в полной их централизации, усилении партийной прослойки в них, окончательном превращении их из штабных подразделений в военно-политические.
Из практической деятельности органов Военного контроля этого периода следует отметить тщательную проверку работников Полевого штаба РВСР. Так была разоблачена крайне опасная изменническая деятельность сотрудниц Полевого штаба РВСР Голубович и Троицкой. Они передавали белогвардейцам секретные данные чрезвычайной важности.
Отдел Военного контроля выполнял и личные поручения В. И. Ленина. Суть одного из них заключалась в следующем. 20 ноября 1918 года работник политотдела Южного фронта И. И. Ходоровский сообщил В. И. Ленину, что в московском военном госпитале врачи увольняют красноармейцев со службы без основательных причин. На следующий день из секретариата Совнаркома пришло указание В. И. Ленина:
«…организовать тайный надзор и слежку за поведением этих врачей, чтобы изобличить их, собрав свидетелей и документы, а потом предать суду»[7].
Распоряжение В. И. Ленина было выполнено. Факты подтвердились. Хирург госпиталя А. Боровский был осужден Революционным трибуналом по обвинению в саботаже и отправлен на фронт.