В кадрах Военного контроля значительную прослойку составляли военные контрразведчики старой царской армии и армии периода власти Временного правительства. По своему социальному происхождению, образу мыслей, личным связям эти сотрудники органов Военного контроля были ближе к служившим в Красной Армии бывшим офицерам старой армии, чем к красноармейской массе и командирам — выходцам из рабочих и крестьян. Одни специалисты этого профиля пошли работать в Военный контроль, а другие — в разведку и контрразведку белых армий. Таким образом, органы Военного контроля не всегда могли успешно бороться с внутренней контрреволюцией.
Часть работы по борьбе с внутренней контрреволюцией в армии проводили чрезвычайные комиссии — Всероссийская и местные. Так, ВЧК в ходе разоблачения заговора послов, известного также как дело Локкарта, выявила шпионско-заговорщическую деятельность морского атташе английского посольства Кроми, начальника британской миссии Р. Локкарта, английского разведчика Сиднея Рейли, американского шпиона К. Каламатиано, французского консула Гренара и других.
Силами своих сотрудников и с помощью командира 1-го дивизиона латышских стрелков Эдуарда Берзиня ВЧК установила, что Сидней Рейли проводил подрывную деятельность против Красной Армии, стремясь вовлечь часть латышских стрелков в военные действия англо-американского десанта в Архангельске против Советского государства и в готовившиеся в то время антисоветские восстания в Москве. Матерый английский разведчик пытался также спровоцировать охранявших Кремль стрелков на арест членов Совета Народных Комиссаров, захват Государственного банка, Центрального телеграфа, телефонной станции и других важных учреждений столицы. Пытаясь организовать контрреволюционный заговор среди латышских частей Красной Армии, Рейли познакомился с Э. Берзинем и, полагая, что завербовал его, передал Берзиню для организации заговора 1 миллион 200 тысяч рублей. В результате арестов, произведенных ВЧК в связи с покушением на В. И. Ленина и убийством Урицкого, были обнаружены военно-шпионские материалы и другие свидетельства подрывной деятельности против Красной Армии. Так, на конспиративной квартире Сиднея Рейли в Шереметьевском переулке, где проживала актриса Художественного театра Елизавета Оттен, в результате засады была задержана бывшая надзирательница гимназии Мария Фриде. У нее изъяли документ, подписанный «Агент № 12». В документе содержались шпионские сведения военного характера. В нем говорилось о формировании дивизий Красной Армии в Воронеже, о Тульском оружейном заводе, о количестве продукции, выпускаемой патронным заводом. Говорилось также и о том, что вследствие нехватки хлопка производство боеприпасов на заводе сократилось вдвое. На допросе Мария Фриде призналась, что пакет с документом она получила от своего брата, который работал в управлении начальника военных сообщений. Предназначался документ для С. Рейли. На квартире М. Фриде, куда направились чекисты после ее ареста, была задержана мать М. Фриде со свертком. В нем также оказались шпионские материалы военного характера, которые принадлежали ее сыну Александру Фриде. В одном из документов сообщалось:
«В Тамбове формирование частей Красной Армии протекает крайне медленно. Из 700 красноармейцев, готовых к отправке на фронт, 400 разбежались. В Липецке вообще отказались ехать на формирование, сказав, что будут защищать интересы Советов только в своем уезде. Здесь также полное отсутствие патронов, оружия и снарядов».
Подпись — «Агент № 26». Александр Фриде признался в сборе сведений о военном, экономическом и политическом положении Советской республики по заданию и поручению американского шпиона Каламатиано.
В другом попавшем в руки ЧК документе, подписанном «Агент № 26» (под этим номером, как потом выяснилось, числился сотрудник таможни П. М. Солюс), также в адрес Каламатиано сообщалось: