Все это потребовало организационного объединения Военного контроля и военных чрезвычайных комиссий в одну систему. Было и еще одно немаловажное обстоятельство, настоятельно требовавшее объединения, а именно — засоренность кадров органов Военного контроля враждебными элементами. Определенная тенденция к этому была объективно заложена еще в момент создания Военного контроля, частично укомплектованного кадрами старой контрразведки. Конечно, не все желающие и не сразу принимались на работу в органы Военного контроля. Перед поступлением туда они, как и другие бывшие офицеры, проходили предварительную проверку, фильтрацию.
Однако некоторые из бывших царских военных контрразведчиков, враждебно настроенных к Советской власти, просочились в органы Военного контроля. Число таких людей в связи с проведением мобилизации старых офицеров к осени 1918 года возросло. Отдельные из этих контрреволюционно настроенных и активно действующих против Советской власти офицеров проникали на ответственные посты в Военный контроль. Это значительно повышало их общественную опасность.
Так, на руководящей работе в Военном контроле оказался некий Бирзе. Будучи анархистом, он поддерживал преступную связь с монархистом Бредисом. Бредис, в свою очередь, был активным членом деятельной и широко разветвленной савинковской организации «Союз защиты родины и свободы». В «Союзе» он возглавлял отдел контрразведки.
Весьма симптоматичные факты выявились при проверках Восточного фронта в связи с падением Казани и Симбирска и при рассмотрении дел Военного контроля Южного фронта. Так, во главе Военного контроля Восточного фронта в июне — июле 1918 года оказался контрреволюционер Фаерман. Выяснилось, что до назначения на этот пост он арестовывался Петроградским Военно-революционным комитетом за взяточничество и расхищение народного имущества. Оказалось также, что офицеры Величко и Духно, помогавшие противнику при захвате Казани и перешедшие на его сторону, были ставленниками Фаермана. Были засорены органы Военного контроля Южного фронта. Военному контролю здесь, в частности, была поручена организация переправы коммунистов, направлявшихся на оккупированную немцами Украину для организации подпольной работы. Многие из этих посланников партии были арестованы на демаркационной линии между Российской республикой и Украиной и расстреляны. Вина в этом некоторых сотрудников органов Военного контроля, бывших офицеров, очевидна.
После того как в ходе проверки вскрылись и были доказаны эти и некоторые другие факты, в ноябре 1918 года Военный контроль Южного фронта был слит с фронтовой ЧК. Слиянию предшествовала чистка Военного контроля от пробравшихся туда враждебных элементов. Образовавшийся новый орган был назван Особым отделом.
Двойственность аппарата по охране государственной безопасности Красной Армии не могла быть терпима и на других фронтах, и в Красной Армии в целом. С предложением ликвидировать двойственность аппарата по охране государственной безопасности Красной Армии обратился во ВЦИК, СНК, Реввоенсовет и ВЧК член ВЦИК В. Э. Кингисепп, прикомандированный в то время к ВЧК.
«Контрреволюция и шпионаж, направленный против Советской республики, лежат в одной плоскости, — справедливо утверждал В. Э. Кингисепп. — В вопросе о шпионаже признак подданства должен быть заменен признаком классовой принадлежности и пролетарской или антипролетарской ориентации…»
Идею образования особых отделов на основе объединения армейских чрезвычайных комиссий и органов Военного контроля всецело одобрил Ф. Э. Дзержинский. Окончательной договоренности о слиянии этих органов представители Главного командования Красной Армии, Реввоенсовета Республики и ВЧК достигли 13 декабря 1918 года в Серпухове, где в то время была ставка Главкома. 19 декабря 1918 года вопрос об объединении обсуждался на Бюро ЦК РКП(б) с участием В. И. Ленина. Бюро приняло решение согласиться с выработанным Революционным военным советом Республики предложением об объединении органов ЧК и Военного контроля в Красной Армии. В это же время образуется руководящий орган советской военной контрразведки — Особый отдел Республики. 6 февраля 1919 года ВЦИК принял первое Положение об особых отделах.