Военная контрразведка, в частности, участвовала в доведении до кругов националистического подполья решения советских государственных органов, касающегося их. Так, в мае 1944 года Президиум Верховного Совета УССР и Совет Министров Украинской ССР опубликовали обращение к националистам. В обращении гарантировалось полное прощение ошибок тем, кто честно порвет всякую связь с националистическим подпольем. После принятия обращения и большой разъяснительной работы в западных областях Украины, в том числе и со стороны органов советской военной контрразведки, с повинной явились тысячи людей. Подавляющее большинство из них искренне хотели заняться честным трудом.
Органы советской военной контрразведки в годы войны помимо выполнения своих функциональных обязанностей по контрразведывательному обеспечению Советских Вооруженных Сил в ряде случаев вынуждены были заниматься и вопросами, прямо не связанными с охраной государственной безопасности в Красной Армии и на Флоте, а иногда не имеющими прямого отношения к охране государственной безопасности вообще. Это объяснялось тем, что органы советской военной контрразведки находились непосредственно в боевых порядках наших войск, на передней линии огня. Они постоянно, и в том числе через своих сотрудников за линией фронта, соприкасались с противником, первыми с наступающими частями Красной Армии вступали на очищенную от врага территорию. После освобождения местности проходили часы, порой дни, пока устанавливался порядок мирного времени, избирались органы гражданской власти. Не всегда и не сразу создавались и военные комендатуры. Поэтому органы военной контрразведки, как правило, первыми сталкивались с фактами и обстоятельствами, которые в ряде случаев и не имели прямого отношения к военной контрразведывательной деятельности, но затрагивали более широкие интересы нашего государства, его партийных, советских органов, интересы советского народа, дружественных ему государств и наций, а в ряде случаев и интересы мирового пролетариата, всего прогрессивного человечества. Поэтому советская военная контрразведка не могла проходить мимо такого рода фактов и обстоятельств. Она их документировала, информировала о них другие компетентные советские органы, а в крайне необходимых случаях при наличии возможностей проводила по ним расследования.
В этой связи нельзя не отметить ту большую роль, которую органы советской военной контрразведки сыграли в установлении фактов и определении конкретных виновников зверств немецко-фашистских захватчиков на временно оккупированной гитлеровскими войсками советской территории и территории других европейских государств.
Органы советской военной контрразведки, как правило, первыми из советских государственных органов имели возможность опросить очевидцев, свидетелей, жертв этих зверств, а в ряде случаев захватить по свежим следам виновных в их совершении или из первых уст узнать о преступниках. Полученные органами советской военной контрразведки материалы зачастую являлись первичными документами, по которым и до нашего времени проводятся расследования и розыск военных преступников. Можно, не боясь преувеличения, сказать, что после войны не было ни одного крупного процесса над немецкими военными преступниками и их пособниками, на котором не фигурировали бы доказательства, добытые советскими военными контрразведчиками.
В борьбе с подрывной деятельностью немецко-фашистской военной разведки с самой лучшей стороны проявили себя многие советские контрразведчики. Разоблачая немецких, а на последнем этапе войны и японских диверсантов и террористов, они показали незаурядное профессиональное мастерство, личную смелость, отвагу и самоотверженность.
Успешно руководили работой органов военной контрразведки фронтов и флотов И. С. Гудков, Я. А. Едунов, Н. И. Железников, А. Н. Михеев, Н. Г. Ханников и другие.