В 1479 г. неугомонный Казимир делает еще одну попытку развалить Русь. Он входит с сообщение с недовольными новгородскими боярами и с братьями великого князя, Андреем Углицким и Борисом Ржевским, а также с Ахмат-ханом. Однако новгородцев на этот раз возбудить не удалось, да и по счастливой случайности действия врагов оказались рассогласованными. Иван III успел схватить мятежных бояр, братья-смутьяне с 20-тысячным войском опоздали на помощь новгородскому мятежу, а внимание Казимира было отвлечено крымским набегом на Подолию. Пока Казимир отбивался от крымцев, братья уже «перегрелись» и помирились с великим князем. Поэтому, когда хан Большой Орды Ахмат пришел с литовскими проводниками, через территорию дружественной, Литвы к реке Угра, его уже ждали объединенные силы русских. Несолоно хлебавши хан и его голодные ордынцы отправились обратно, и по пути, как умели, разоряли литовское население — если точнее русских православных подданных своего католического союзника.
Русско-литовская война 1492–1494 была прозвана «странной», ведь в ней участвовали только московские пограничные воеводы и наместники, которые помогали литовско-русским князьям «отъехать» к московскому великому князю, чему препятствовал литовский великий князь Александр. После поражения под Вилькомиром литовско-русская знать все более смотрела на Москву, как единственную защитницу православия. Выглядела Москва и более привлекательной, в свете создания всеобщих условий безопасности — Литву разоряли и недавние друзья, крымцы, и панские усобицы. Отнюдь не московские великие князья, а польский король первым лишил своих подданных права мирного отъезда.
В результате войны к Москве немирно «отъехали» Гедиминовичи князья Воротынские, Бельские, Мезецкие, Одоевские, причем вместе со своими владениями. К Москве отошла часть северских земель, Верховские княжества (верхнеокские земли), часть Смоленского края с Дорогобужем.
По новому договору от 1494 великий князь Александр отказался от претензий на Псков и Новгород, уступал Ивану III Вязьму, Алексин, Венев, Оболенск, Козельск, Воротынск, Одоев. Великий князь литовский давал православным русским жителям своего княжества привилегии (Полоцкие и Минские), а также обязывался обеспечивать свободу православной церкви, чем вызывал неудовлетворение литовского сената.
После 1494 отъезды литовско-русской знати продолжились. На московскую службу вместе со своим городами и волостями перешли чернигово-стародубский князь Семен Можайский и новгород-северский князь Василий Шемячич, затем Гедиминовичи князья Трубецкие и Мосальские.
В конкурентной борьбе за западно-русскую знать, Литва явно проигрывала Москве.
Великий литовский князь Александр попытался решился проблему с помощью войны, которая длилась с 1500 по 1503. Уже на начальном ее этапе русские войска заняли северские земли с Брянском, Путивлем, Мценском, Стародубом, Гомелем, Новгород-Северским, Рыльском, Серпейском.
14 июля 1500 г в сражении под Дорогобужем у р. Ведрош 40-тысячная русская армия под командованием Даниила Щени разбила равную ей по силам литовскую армию под командованием Константина Острожского. (Остается загадкой почему Д. Щеня, лучший военачальник Ивана III, не был включен в список проекта «Имена России»). Князь Острожский попал в плен, затем был выпущен, дав обязательство служить Москве, но проявил бесчестие и бежал в Литву. (Морального осуждения такого «маневра» не последовало даже со стороны «историков»-сентименталистов.) После ведрошского поражения пленным панам давали по полуденьге на день в виде материального довольствия — это равнялось тогдашнему среднему заработку русского ремесленника. Литовцы были наголову разбиты и под Мстиславлем. Однако взять Смоленск в 1500 не удалось. А в 1501 Александр становится польским королем и вступает в союз с Ливонским орденом.
Русские силы были отвлечены на оборону от ливонских немцев, которые начали активные наступательные действия. Однако по результатам войны литовцы отдали Москве еще и часть черниговских земель.
20 октября 1506 г. великим князем Литовским и королем польским становится младший сын Казимира IV Ягеллона — Сигизмунд I Ягеллон (Жигимонт русских летописей), а в январе 1507 г. он будет провозглашен и королем Польши. Сигизмунд сразу приступает к конфронтационной политике. Отправив в Москву посольство, он потребовал возвращения Литве земель Новгород-Северского княжества, утраченных ею в результате поражений 1503 г., на что русская сторона твердо отвечала: «Вся земля Русская государева вотчина». Получив согласие магнатов на сейме, Сигизмунд в марте 1507 начал войну против русских, которая будет длиться до начала 1509. Войдя в коммерческо-политическое соглашение с крымцами, Сигизмунд дал начало длинному периоду разорительных крымско-татарских нашествий на Московскую Русь.