Поскольку Фок был ранен, а в последующем и негоден к строевой службе, выполнять его обязанности в результате чехарды переназначений и согласований с высокими инстанциями доверили генералу Горбатовскому (поначалу на эту должность предлагался и Надеин, но старый генерал сам отказался от нее в пользу более молодого и более сведущего в современном военном деле коллеги). Начальствовать же над всей сухопутной обороной Порт-Артура при этом доверили той "лошадке", которая уже и так везла воз многих забот по подготовке крепости к японскому наступлению - Роману Исидоровичу Кондратенко.
Вместе с тем, хотя русские войска в результате данного происшествия и были временно лишены воздушного наблюдения, результаты всех предыдущих обсерваций расположения и передвижений японских войск армии Оку позволили командованию и в Порт-Артуре, и в Мукдене сформировать более-менее верное представление и об их численности, и о наиболее вероятных направлениях их наступления. Поэтому, когда 16 мая авангарды японцев показались на дорогах к поселкам Саншилипу и Игядянь и обнаружилось намерение противника атаковать Цзиньчжоускую позицию, генерал Кондратенко по предложению командующего Квантунским укрепрайоном устроил "сдерживающее" сражение в районе деревень Шисалитеза - Чифаньтань. Атаки на подготовленную русскими "отсечную" позицию, на которой располагались отряды генерала Надеина и подполковника Мачабели, стоила японцам потери 257 человек, русские же потеряли вдвое меньше - 125. В итоге японцы вынуждены были прекратить атаки, оттянувшись немного на север с целью перегруппировки и ожидания подхода подкреплений.*
В тот же день командующему Квантунским укрепрайоном А.М.Стесселю из Ляояна пришла телеграмма командующего Манчжурской Армией генерала Куропаткина об обороне Цзиньчжоуского перешейка, которая гласила: "... Самое главное - это своевременно отвести войска в состав гарнизона Порт-Артура... Мне представляется весьма желательным вовремя снять и увезти с Цзиньчжоуской позиции орудия, иначе будут новые трофеи... Впечатление произведет это крайне тяжелое...". После данной телеграммы главнокомандующего отряды Надеина и Мачабели, невзирая на в целом удачный для них исход боя, по прямому приказу Стесселя отошли к городу Цзиньчжоу.
К 18 мая японцы завершили высадку войск 4-й армии генерала М.Нодзу в Дагушане, западнее реки Ялу, и 2-й армии генерала Я.Оку в Бицзыво. Вторая из названных армий готовилась в самое ближайшее время начать наступление на Цзиньчжоускую позицию, сосредотачивая для этого все свои силы.
Под угрозой близящегося штурма Цзиньчжоу Стесселем 21 мая было организовано посвященное его обороне совместное совещание старших армейских и флотских военачальников. Высказанные на нем соображения относительно возможных мер противодействия японцам формализовались в указании Стесселя командующему сухопутной обороной генералу Кондратенко о том, что "на самую упорную оборону позиции должно быть обращено все внимание... Одного полка там мало. Пока Цзиньчжоу наше, Артур безопасен...". Соответственно, было принято решение о направлении для надежной защиты перешейка достаточного количества войск. Кроме того, Макаров на этом мероприятии твердо пообещал оказать поддержку с моря обороняющимся у Цзиньчжоу русским частям и, будучи более чем заинтересован в недопущении выхода японцев к Порт-Артуру по суше, предложил отправить в помощь стоящей на перешейке пехоте десантный отряд из моряков и часть артиллерии с ремонтируемых кораблей.
25 мая в 5 часов утра штурм русской оборонительной позиции на горе Наньшань возле Цзиньчжоу начался. Осуществлявшая его армия Оку на тот момент насчитывала 33 тысячи человек, 167 орудий и 46 пулеметов. При этом потери, понесенные в ходе высадки у Бицзыво и лишившие японцев только живой силы численностью почти в целую дивизию, вынудили врага и ставить в строй выздоровевших легкораненых в бою 2 мая, и выделять десантные партии с кораблей Того, и использовать в первой линии половину 5-й дивизии, первоначально планировавшейся в качестве резервной. С моря японское наступление поддержали пробравшиеся накануне в залив Сахайкоу 4 канонерские лодки и 6 миноносцев.