Германские подводные лодки, торпедные катера, а иногда и самолеты действовали против конвоев, которые продолжали передвигаться вдоль восточного побережья Черного моря, облегчая бремя, ложившееся на железные дороги. Им удалось уничтожить около двух третей русского транспортного флота, тоннаж которого составлял примерно 300 000 брт. Советы утверждали, что в этом районе они топили германские подводные лодки одну за другой. В действительности же не было потоплено ни одной; лодки были пущены ко дну собственными экипажами только при уходе немцев с Черного моря в 1944 г. 50 русских подводных лодок с 1942 по 1944 г. произвели 130 зарегистрированных нападений и уничтожили 9 пароходов (в общей сложности около 25 000 брт), а также 6 более мелких судов; кроме того, они повредили большой танкер. Ожесточенные бои катеров происходили перед Новороссийском, в Керченском проливе я в мелководном Азовском море, имевшем для обеих сторон большое значение как транспортный путь. На мелководье для немцев всего неприятнее были русские мины.
Всего неприятнее для малых кораблей оказалась русская авиация, особенно при эвакуации Крыма (при эвакуации кубанского плацдарма в начале октября 1943 г. эта авиация упустила прекрасную возможность). Ни при перевозке 200000 человек, 60000 лошадей и волов. 35000 повозок, 1200 орудий и 100 000 т материалов через Керченский пролив, ни во время трехдневного перехода 240 кораблей охранения, и транспортных судов от Керченского пролива до Севастополя не было понесено значительных потерь, несмотря на частые атаки. 19 ноября 1943 г., во время одного из налетов на Крым, в ходе которого русские самолеты обстреливали немецкие позиции на бреющем полете, погиб вице-адмирал Кизерицки — командующий германским флотом на Черном море.
Если бы в дело вмешался русский флот, из Крыма не выбрался бы больше ни один человек. Однако и здесь этот флот рассматривал себя прежде всего как вспомогательное оружие армии и не предпринимал самостоятельных действий, хотя, начиная с 1942 г. и особенно при отступлении немцев, ему не раз представлялись благоприятные случаи для нападения на немецко-румынские конвои.
Мины на Дунае и Рейне
Западные противники вмешивались в войну на Черном море только косвенным образом, а именно постановкой с воздуха на Дунае магнитных мин (начиная с весны 1944 г.). Поскольку прибрежные государства не были подготовлены к этому, результаты оказались первоначально довольно значительными и затруднили снабжение войск, находившихся в Румынии, Болгарии и Югославии. Немецкий штаб по борьбе с минами во главе с капитаном 1 ранга в запасе Лаутеншлагером организовал начиная с июня 1944 г. эффективную противоминную оборону, костяком которой являлись немецкая Дунайская флотилия и самолеты — искатели мин (так называемые «Маузис»). До декабря 1944 г. из 2500 судов, плававших по Дунаю, погибло около 5 процентов и столько же было повреждено, причем две трети этих потерь приходится на первое полугодие.