Поскольку никто не желал повторения катастроф, последовавших за высадкой союзников в портах Оран и Алжир, высадку десантов в гаванях противника решили не предусматривать. Тем не менее диверсионно-разведывательным подразделениям "командос" и "рейнджерс" была поставлена задача нейтрализовать ключевые оборонительные сооружения противника в портах. Для захвата особо важных аэродромов и мостов в эти районы должны были заблаговременно высадиться подразделения двух парашютно-десантных дивизий.
Чтобы ввести противника в заблуждение относительно готовящейся высадки на Сицилию, союзное командование приняло меры к тому, чтобы создать у противника впечатление, будто основная высадка произойдет в Греции, а отвлекающая десантная операция - в Сардинии. С этой целью в море у берегов Испании был брошен труп "майора Уильяма Мартина", который имел при себе портфель со специально подобранной дезинформацией. Труп был выловлен испанцами, и "документы" попали в руки немецких агентов. Гитлер и германское верховное командование поддались обману. В результате немецкие бронетанковые дивизии, минные заградители и торпедные катера держав оси были переброшены к Сардинии и Греции и в обороне Сицилии участия не принимали. Тихоходные итальянские минные заградители, выделенные для постановки минных полей в сицилийских водах, не сумели создать серьезных препятствий союзникам.
Сицилийская операция готовилась тщательнее, чем все предыдущие высадки в Северной Африке. Прибывавшие на театр военных действий новые большие и малые танкодесантные корабли (LST, LCT), пехотно-десантные катера (LCR, LCP) и другие средства срочно включались в подготовку, проводимую в каждом крупном и малом порту побережья Северной Африки. Пока войска проводили учения совместно с командами десантных катеров для пехоты и автотранспорта (LCVP), береговые партии отрабатывали задачи по доставке предметов снабжения, эвакуации раненых, управлению артиллерийским огнем и т. п. Большинству дивизий первого эшелона удалось провести приближенные к реальной обстановке боя тренировки с участием всей своей техники. В результате этого боевые соединения Хьюитта и Рамсея получили хорошую подготовку.
Вследствие пологих пляжей и прибоя берега Сицилии изобилуют песчаными барами, где глубина настолько незначительна, что крупные десантные корабли типа LST не могут подойти к берегу ближе чем на 100 м. Для устранения этого недостатка специалисты базового командования, возглавляемого американским контр-адмиралом Конолли, создали специальные понтонные мосты, составляемые из обычных понтонных секций, укладываемых от песчаных баров до берега. Другим методом было использование малых танкодесантных кораблей (LCT) в качестве паромов между крупными танкодесантными кораблями (LST), стоящими на якоре у песчаных баров, и берегом. Оба метода хорошо себя зарекомендовали, позволив решить задачу снабжения 7-й и 8-й армий.
Одновременно с подготовкой союзников к штурму Сицилии готовились к действиям и немецко-итальянские силы. Итальянский флот был еще достаточно мощным, и если бы ему удалось избежать встречи с крупным соединением английских кораблей прикрытия, он мог бы нанести огромные потери конвоям десантных кораблей и транспортов. Но поскольку немецко-итальянские командиры не знали, куда и когда англо-американцы направят свои удар, их шансы на достижение внезапности при нанесении контрудара своими военно-морскими силами были незначительными. Более того, главнокомандующий итальянским военно-морским флотом, ссылаясь на отсутствие достаточного прикрытия со стороны истребительной авиации, запретил своим кораблям появляться в водах Сицилии, находившихся в пределах досягаемости англо-американской авиации. Оборонявшие Сицилию командиры надеялись на созданную ими оборону и считали, что удары авиации и сопротивление семи итальянских дивизий, расположенных на побережье, задержат англо-американские войска на участках высадки, в то время как четыре итальянские и две немецкие моторизованные дивизии мощным контрударом сбросят их в море. Муссолини неразумно отказался от предложения Гитлера выделить для обороны Сицилии еще три немецкие дивизии. Береговая оборона вокруг всех основных портов усиливалась, а в районе Джелы, где немцы и итальянцы ожидали высадки английских и американских десантов, велись учения по противодесантной обороне. Мобильные силы обороны были расположены в стратегически важных пунктах. Против готовых к высадке войск союзников численностью 470000 человек державы оси выставили на Сицилии войска численностью примерно 350000 человек, включая немецкие войска численностью свыше 50000 человек.