Вскоре выяснилось, что итальянцы не могут справиться и с Грецией. Поэтому 6 апреля 1941 года немцы вынуждены были начать наступление на Балканы, которое закончилось эвакуацией английских войск из Греции на остров Крит и в Египет. В ходе эвакуации, продолжавшейся целых пять ночей, немцы потопили 26 транспортных судов противника. Из 53 тыс. человек англичане потеряли около 12 тыс. Кроме того, были уничтожены 2 английских эсминца.
После высадки немецких парашютных и посадочно-десантных войск на острове Крит немецкие моряки, используя реквизированные в Греции небольшие пароходы и моторно-парусные суда, 22 мая 1941 года попытались перебросить на Крит свои войска и технику морским путем. Эта попытка была отбита английскими крейсерами и эсминцами, причем немцы потеряли около 800 человек. Отдельные транспортные суда начали прибывать на остров Крит лишь после того, как немецким военно-воздушным силам удалось очистить от англичан все Эгейское море. Со 2 июня между Критом и Грецией было установлено регулярное морское сообщение. На моторно-парусных судах немцы сумели доставить на остров 2 танка, которые весьма пригодились им в борьбе с остатками войск противника. Итальянцы высадили довольно крупный десант на берегу залива Мирамбелас (восточная часть Крита). Три четверти английских войск, действовавших на Крите — свыше 16 тыс. человек, — были эвакуированы в Египет через расположенный на южном берегу Крита порт Хора-Сфакион.
В течение двух дней — 19 и 20 мая — несколькими последовательными ударами немецкой авиации был окончательно добит английский тяжелый крейсер «Йорк», еще ранее выведенный из строя итальянскими торпедными катерами. 22 мая в районе острова Крит немецкие бомбардировщики потопили английские легкие крейсеры «Глочестер» и «Фиджи», а 31 мая в районе западнее Александрии — крейсер ПВО «Калькутта».
В июле 1941 года англичане доставили подкрепления осажденному гарнизону Тобрука. Благодаря противодействию немецко-итальянской авиации противник понес при этом весьма чувствительные потери. Были потоплены: быстроходный минный заградитель «Латона», 2 эсминца, 22 небольших и 9 крупных судов противника; кроме того, еще 18 английским судам были нанесены более или менее серьезные повреждения.
В середине мая 1941 года был выведен из строя почти весь греческий флот, а уцелевшие корабли (1 крейсер, 6 эсминцев и несколько подводных лодок) ушли к англичанам. Немцы приступили к оборудованию на побережье Греции нескольких опорных пунктов; одновременно они организовали службу обеспечения и наладили сопровождение караванов. У важнейших портов на континенте, а также на многих островах Греции были установлены батареи береговой обороны.
24 июля 1941 года немецкие и итальянские самолеты атаковали английский конвой, шедший из Гибралтара на Мальту; при этом был потоплен один эсминец. В тот же самый день по этому конвою итальянские миноносцы, торпедные катера и подводные лодки нанесли еще один удар. Результаты были, однако, не из блестящих: только одна торпеда попала в цель, да и то поврежденный ею пароход сумел добраться до Мальты вместе с другими судами, входившими в состав конвоя. После наступления темноты одному итальянскому торпедному катеру удалось торпедировать английский эсминец из состава конвоя. На следующую ночь, неся большие потери, итальянские катера и подводные лодки-малютки проникли в порт Мальты и еще раз напали на пришедший туда конвой. К сожалению, атака снова оказалась безуспешной.
В конце сентября еще один шедший под сильной охраной караван английских судов подвергся ряду атак со стороны подводных лодок и самолетов-торпедоносцев. Находившаяся поблизости итальянская эскадра сумела своевременно уклониться от боя с превосходящими силами англичан. Итальянцы сообщали, что в этом бою ими был достигнут крупный успех. Однако позднее выяснилось, что они сильно преувеличили свои достижения: в действительности был потоплен всего один английский транспорт.
В последних числах сентября итальянские взрывающиеся катера, доставленные к месту действия на подводных лодках, ворвались в Гибралтарскую гавань и, по сообщениям экипажей, потопили 3 парохода, а 4-му причинили такие повреждения, что он был вынужден выброситься на берег.