Мурманск подвергался регулярным налетам вражеской авиации. Во время одного из таких налетов бомба взорвалась у борта ледокола «Ленин». Несколько человек получили ранения, один погиб.
Стоянка становилась опасной. С целью уменьшения вероятности попадания бомб ледоколы поставили на якорь в районе Абрам-Корги у западного берега залива, под прикрытием обрывистой скалы.
План перехода ледоколов в Арктику был согласован заместителем начальника морских операций западного района Арктики А. И. Минеевым, возглавлявшим эту операцию, с командующим Северным флотом А. Г. Головко. Принятый вариант предполагал переход ледоколов открытым морем вдалеке от традиционных путей следования. Выход предполагалось осуществить в туманную погоду, курс пролегал вдоль побережья Новой Земли, обогнув которую с севера, ледоколы шли прямо на Диксон. Трижды ледоколы начинали движение, но туман быстро рассеивался, и они возвращались. Только ночью 16 августа, когда залив и окружающие его горы потонули в густом тумане, ледоколы и транспорт «Бурея» (капитан Слюсарь) вышли из залива в сопровождении двух старых эсминцев типа «Новик» – «В. Куйбышев» и «Урицкий». Против ожидания, туман рассеялся, когда конвой находился всего в 35 милях от берега. Эсминцы были отпущены, а ледоколы при сияющем утреннем солнце без охраны последовали по намеченному маршруту. Транспорт, на котором находилось демонтированное оборудование Мурманского судоремонтного завода и порта (пароход «Бурея»), имел максимальную скорость 6 узлов и тормозил движение ледоколов при совместном плавании. Ему было дано указание следовать самостоятельно, придерживаясь того же маршрута.
К счастью, ледоколы не были обнаружены немецкой авиацией, 21 августа они благополучно прибыли на Диксон и подключились к проводке судов. Позднее туда же подошел и пароход «Бурея».
Как мы видим, выход ледоколов на трассу Севморпути задерживался. По этой причине работники Штаба морских операций приняли решение на самолете Н-243, пилотируемом Н. Л. Сыроквашей, 22 июля 1941 г. вылететь из Москвы на Диксон, но неожиданная поломка самолета повлекла за собой вынужденную посадку на реке Мезень в районе деревни Дорогория. На месте повреждения устранить не удавалось. 25 июля за ними прилетел самолет, пилотируемый И. И. Черевичным, на котором Штаб вернулся в Архангельск. Вторая попытка добраться до Диксона была предпринята 29 июля на самолете Н-207 (пилот И. С. Котов). Сделав очередную аварийную остановку в поселке Усть-Кара (Байдарацкая Губа), работники Штаба смогли вылететь на Диксон только 5 августа. По прибытии выяснилось, что служебные и жилые помещения на острове не подготовлены, работать в подобных условиях было невозможно. В течение почти 10 дней предпринимались попытки как-то исправить ситуацию, но сделать ничего не удалось, в результате было принято решение разместить Штаб на пароходе «Садко», стоявшем в порту Диксон и готовившимся к выходу в очередной рейс. 23 августа «Садко» подошел к проливу Вилькицкого, где к тому времени из-за сложной ледовой обстановки скопилось много судов, следующих как в восточном, так и в западном направлении. В этот же район для оказания помощи в проводке судов подошел с востока ледокол «Красин». На нем временно и разместился Штаб западного района Арктики.
Только 30 августа Штаб смог перейти на ледокол «И. Сталин», где находился до 15 сентября. К этому моменту на Диксоне были подготовлены стационарные помещения для Штаба и жилые помещения для сотрудников, в которых Штаб и базировался в дальнейшем на протяжении многих лет.
К тому времени на Диксоне начала функционировать новая радиостанция, позволявшая поддерживать более устойчивую связь с судами и Москвой, и был открыт аэродром, хоть и небольшой, но пригодный для приема легкой колесной авиации, которая в то время только начинала работать в Арктике. Переход с ледокола в порт Певек Штаба морских операций восточного района Арктики произошел только в 1952 году.
13 августа 1941 года на основании приказа Наркома Военно-Морского Флота СССР Н. Г. Кузнецова от 2 августа 1941 г. Беломорская военно-морская база была переформирована в Беломорскую военную флотилию с главной базой в Архангельске. Командиром флотилии был назначен контр-адмирал М. М. Долинин. В октябре 1941 года его сменил вице-адмирал Г. А. Степанов. Для обеспечения безопасности плавания в восточной части Баренцева моря и в западном районе Севморпути распоряжением № 00412 командующего Северным флотом от 19 августа 1941 года в составе Беломорской военной флотилии был создан отряд кораблей Карского моря (Северный отряд) под командованием капитана 1-го ранга Н. П. Аннина[78]
.