Между тем, ситуация в Украине была такова. Большинство старшин выступало за унию и автономию, тогда как большинство простых казаков стояло за Москву. Оно и понятно: им уния ничего не давала, зато создавала реальную перспективу скорого возвращения магнатов и шляхты, а вслед за ними, может быть, и ненавистных арендаторов-евреев. В конце ноября 1658 года в местечке Верва противники Выговского собрали свою собственную Раду, избравшую гетманом полковника Ивана Беспалого. После этого в Украине фактически началась гражданская война.
Однако король не мог послать войско на помощь Выговскому так как польский народ вел жестокую борьбу со шведами, поглощавшую все силы и средства. Большую часть Литвы оккупировали московиты, меньшую часть — шведы. Тогда, чтобы предотвратить посылку новых московских войск, Выговский отправил к царю белоцерковского полковника Кравченко, «туманить головы» заявлением о повинной. Одновременно он призвал на помощь все тех же крымских татар.
3 декабря 1658 года гетман Беспалый написал царю, что враги наступают на верных «его величеству» казаков со всех сторон, а царские воеводы помощи не дают. Алексей Михайлович в ответ сообщил*, что приехал Кравченко с повинной, что он (царь) велел собрать Раду в Переяславле 1 февраля, а пока пусть Беспалый соединится с князем
Ромодановским и вместе бьет неприятеля.Неприятель не заставил себя ждать.
Уже 16 декабря наказной атаман Выговского Скоробогатенко подошел к Ромнам, где находился Беспалый, но потерпел поражение от последнего. Беспалый отправил царю срочную депешу:« Если ваша пресветлая царская милость с престола своего не подвигнитесь в свою отчизну, то между нами, Войском Запорожским, и всем народом христианским, покою не будет. Выговский Кравченка на обман послал и ему бы ни в чем не верить».
В феврале 1659 года Беспалый сообщил в Москву, что из Новой Чернухи под Лохвицу приходило 30-тысячное казацко-татарское войско Скоробогатенко и Немирича, три раза пыталось взять город приступом, но было отбито. Сам же Выговский 4 февраля при
шел к Миргороду и осадил его. В Миргороде стояли московские драгуны и казаки полковника Степана Довгаля. Уже 7 февраля полковник Довгаль решил перейти на сторону Выговского и покинул Миргорода со своим полком, после чего горожане открыли ворота. Выговский отправил московитов в Лохвицу, естественно,разоружив и ограбив их, затем двинулся к Полтаве, «приводить в чувство» Беспалова, прежнего помощника Пушкаря. Однако Беспалый со своими казаками убежал в Ромны.
Между тем, 15 января 1659 года из Москвы в Украину отправился князь Алексей Никитич Трубецкой с большим войском. Летопись говорит о 100 тысячах человек, но в действительности их было меньше раза в два. 10 марта Трубецкой пришел в Пу-тивль, 26 марта направился оттуда к местечку Константинов на реке Суле. Туда же он вызвал московских воевод из Лохвицы и Беспалого из Вомен.
Наконец, 10 апреля войско Трубецкого от Константинова пошло к Конотопу, где сидел сторонник Выговского полковник Гуляниц-кий. Уже 19 апреля Трубецкой начал осаду. Она без малейшего успеха продолжалась до 27 июня, когда к Конотопу пришли казаки Выговского и татары крымского хана Камиль-Мухаммеда Гирея.
Оставив всех татар и половину своих казаков в засаде за речкой Сосновкой, Выговский с остальными казаками на рассвете 28 июня внезапно атаковал осаждавших, перебил много людей, отогнал лошадей и начал преднамеренное отступление.
Трубецкой решил, что имеет дело со всем войском Выговского. Он послал для его преследования конницу под командованием князей Семена Романовича Пожарского и Семена Петровича Львова. Пожарский догнал отступавших казаков, часть перебил и поспешил вслед за остальными, все дальше и дальше удаляясь от Конотопа.
Взятые в плен казаки Выговского сказали ему, что впереди ждет в засаде большое войско — целая ханская орда и вторая половина казаков, но Пожарский не придал никакого значения их словам. Как писал Соловьев, воевода никого не слушал: