Офицеры прибыли в Южную Осетию для расследования обстоятельств ДТП, произошедшего 1 февраля, но были задержаны под предлогом отсутствия у них грузинских виз еще на пути в штаб миротворцев в селе Курта, расположенном по дороге к Цхинвалу.
Министр обороны Грузии Ираклий Окруашвили объявил после этого инцидента, что Грузия введет визовый режим для российских миротворцев, так что все военнослужащие, не имеющие виз, будут задерживаться В МИД России заявили, что данный шаг однозначно направлен на нагнетание напряженности в зоне конфликта. Именно визовые проблемы уже выступали в качестве повода для задержаний российских офицеров в 2004–2005 годах, когда Грузия проводила кампанию против присутствия российских баз на своей территории.
13 февраля 2006 года в Тбилиси состоялось расширенное заседание комитета по обороне и безопасности парламента Грузии В начале заседания государственный министр Грузии по урегулированию конфликтов Георгий Хаиндрава представил нарушения Дагомысских соглашений, которые, по его мнению, допускают российские миротворцы в Южной Осетии. Главное из них — парад военной техники, проведенный осетинской стороной в Цхинвале 20 сентября 2005 года, когда Южная Осетия отмечала День республики. В параде участвовали танки, боевые машины пехоты и самоходные артиллерийские установки. По словам Хаиндравы, утверждения осетинской стороны, что эта техника будто бы была захвачена у грузинской армии во время вооруженного конфликта, не соответствовали действительности, поскольку грузинские вооруженные силы в то время такой техники не имели. Хаиндрава заявил, что эта боевая техника была получена из России через Рокский тоннель. Таким образом, по его мнению, российские миротворческие силы не выполняли главной задачи — демилитаризации зоны конфликта. Миротворческая операция российских войск якобы создает угрозу грузинской государственности, и дальнейшее пребывание российских миротворцев на этой территории недопустимо.
В качестве доводов к сказанному было отмечено, что «при попустительстве российских миротворцев» в Южной Осетии действует министерство обороны, которое финансирует Россия, российские военные руководят учениями югоосетинских вооруженных формирований, командующий миротворческими силами Марат Кулахметов действует в интересах российского Министерства обороны, а не как нейтральная сторона.
Кроме того, грузин раздражала выдача российских паспортов населению Южной Осетии, прокладывание ветки газопровода из Северной Осетии в Южную и финансирование российским правительством строительства объездной дороги на территории Южной Осетии.
12 ноября 2006 года в Южной Осетии были одновременно проведены двое парламентских выборов и референдум о независимости. Одни выборы и референдум были проведены на территории, контролируемой властями Южной Осетии (здесь победил Эдуард Кокойты, и большинство участников референдума высказалось за независимость). Другие выборы были проведены на территории, контролируемой грузинскими властями, и среди беженцев из Осетии, находящихся на территории собственно Грузии (здесь победил Дмитрий Санакоев) Обе стороны признали проведенные ими выборы демократичными и отражающими волю народа, а другие — фальсифицированными. Оба победителя принесли присягу народу Южной Осетии, претендовали на власть на всей территории Южной Осетии и обвиняли друг друга в коллаборационизме (с Россией и Грузией соответственно).
В 2007 году Саакашвили потребовал вывести российские войска из Грузии. Самой крупной базой была Ахалкалаки Войска были выведены досрочно — 15 ноября 2007 года, хотя планировался вывод в течение 2008 года. Остались только российские миротворцы, действующие по мандату СНГ в Абхазии и по Дагомыс-ским соглашениям в Южной Осетии.
К этому времени численность вооруженных сил Южной Осетии составляла 3 тысячи человек, в резерве находилось 15 тысяч человек. На вооружении республики имелось 87 танков Т-72 и Т-55, 95 орудий и минометов, в том числе 72 гаубицы, 23 реактивные системы залпового огня БМ-21 «Град», 180 бронемашин, в том числе 80 БМП, а также три вертолета Ми-8.