Ключевой момент стратегии состоял в том, чтобы расчленить районы сопротивления боевиков и осуществить подавление очагов сопротивления с помощью огневого поражения штурмовой авиации и артиллерии.
Главная задача федеральных сил — не дать чеченским боевикам выскользнуть из ловушки в Грозном и уйти в горы, откуда можно было весной спуститься и продолжить боевые действия. Уход в горы боевиков означал, что Москве придется вести затяжную войну на истощение.
На третьем этапе планировалось завершить уничтожение чеченских военных формирований в горной Чечне.
Первый этап операции, который предполагал создание на территории Чечни и сопредельных территориях зоны безопасности, прошел вполне успешно. Федеральные войска закрыли границы Чечни с запада, севера и востока и укрепили свои позиции в Наурском, Шелковском и Надтеречном районах. Здесь немедленно создавались или воссоздавались центральные и местные органы власти из числа лояльных лиц.
Был вытянут из небытия завгаевский парламент созыва 1996 года. Теперь его назвали Народным собранием республики Чечни в составе Российской Федерации. Собрание начало формировать Госсовет — высший исполнительный орган республики — и назначило его председателем Малика Сайдуллаева. Ему было поручено представить Народному собранию персональный состав Госсовета. Парламент также просил Президента России возложить на председателя Госсовета Чеченской республики полномочия представителя Президента в Чечне и «оказать помощь и содействие в нормализации обстановки в Чеченской республике».
Активизация встреч муфтия Чечни Ахмада Кадырова с премьер-министром Путиным, главой администрации президента Волошиным, а также с другими чиновниками можно было расценивать как выбор преемника президента Масхадова.
Новые власти понимали, что необходимы экстренные меры по улучшению социально-экономического положения большинства населения, повышению его жизненного уровня. И это уже делалось в возвращенных районах — была оказана экстренная помощь из резервов Минобороны, МЧС, правительства и соседних регионов, восстанавливались предприятия, электро- и газоснабжение, открывались больницы и школы, представлялся посевной материал для осеннего сева и т. д.
Все это плюс соответствующая агитация и амнистия раскаявшимся боевикам создавали условия для отсечения Масхадова от людских ресурсов.
В населенных пунктах освобожденных районов Чеченской республики продолжалась работа по возрождению мирной жизни, формированию органов и структур власти, возобновлению работы учреждений образования, здравоохранения и социальной защиты населения.
Так называемое «мирное» население относилось к действиям московских и вновь появившихся местных властей внешне выжидательно.
В освобожденных районах Чечни и на Северном Кавказе было восстановлено железнодорожное движение. На территории Чеченской республики усилиями МПС России было возобновлено движение грузовых и пассажирских поездов. Движение грузовых поездов начало осуществляться на направлениях Прохладная-Червленная — Узловая — Кизляр, Прохладная — Червленная — Узловая — Гудермес — Хасавюрт. Для перевозки пассажиров началось сообщение по направлениям Минеральные Воды — Назрань и Назрань — Москва.
Второй по величине и значимости город республики — Гудермес был освобожден от экстремистов сторонниками муфтия Чечни Ахмада Кадырова и бойцами полевого командира Сулеймана Мамадаева.
Сторонники Кадырова объявили Гудермесский, Ножай-Юртовский и Курчалоевский районы «зоной, свободной от ваххабизма».
В Грозном боевики, используя подземные коммуникации города, сильно усложняли жизнь действующим штурмовым подразделениям федеральных войск. Они, готовясь к обороне Грозного на протяжении двух лет, активно восстанавливали и совершенствовали коммуникации, в результате чего могли скрытно и относительно безопасно перегруппировывать силы и выходить в тыл штурмовым подразделениям. Кроме того, под Грозным были расположены построенные в советские времена сооружения гражданской обороны. Этим бомбоубежищам, предназначенным для защиты населения от оружия массового поражения, были не страшны удары федеральной авиации. Боевики использовали их в качестве пунктов управления, госпиталей и складов.
Российские войска вышли в предгорные районы Главного Кавказского хребта. Начались бои в Аргунском ущелье за контроль главной магистрали, соединяющей север и юг Чечни, по маршруту Чири-Юрт-Чишки — Итум-Кале.
Главная задача войск — выход к грузинской границе — была осуществлена высадкой десанта, что позволило лишить боевиков помощи извне и исключало их уход за пределы Чечни.
Российская пограничная оперативная группа «Аргун» на границе с Грузией отражала удары чеченских боевиков.