Вельяминов обвинял старшину в самоволии, присвоении казенных земель, отягощении населения неправедными повинностями и поборами. Одновременно старшина хлопотала о разрешении произнести выборы «вольными голосами» нового гетмана. Но Петр с выборами нового гетмана не торопился и, в ответ на просьбы старшины, 23 июля 1723 г. издал Малороссийской старшине следующий указ: «как всем известно, что со времен первого гетмана Богдана Хмельницкого, даже до Скоропадского, все гетманы явились изменниками и какое бедствие от того терпело Наше Государство, особливо Малая Россия, то подлежит приискать в гетманы весьма верного и известного человека, о чем и имеем Мы непрестанное старание; а пока оный найдется для пользы вашего края, определено правительство, которому велено действовать по данной инструкции; так да гетманского избрания не будет в делах остановки, почему о сем деле докучать не надлежит. Петр».
А вслед затем Петр вызвал Полуботка и его ближайших сотрудников в Петербург. Много недель Полуботок и старшины безуспешно обивали пороги вельмож и добивались аудиенции у Петра (о чем сохранился подробный дневник канцеляриста Ханенка). Только в начале ноября Полуботок получил возможность говорить с Императором. Разговор закончился тем, что Петр посадил в Петропавловскую крепость Полуботка и сопровождавших его старшин. По преданию, Полуботок открыто и резко обвинял Петра в «угнетении Малой России, нарушении древних вольностей, подтвержденных его предшественниками — московскими царями и им самим при выборе Скоропадского».
В крепости Полуботок вскоре разболелся, а когда Петр послал к нему врача, он отказался лечиться. Тогда Петр посетил его лично и (опять по преданию) хотел с ним помириться. Но Полуботок отказался и сказал: «Скоро я предстану перед Вечным Судьей; он рассудит Петра и Павла».
Причиной гнева Петра, как установили позднейшие историки, в том числе и Грушевский, были не только резкие слова Полуботка, но и еще одно обстоятельство. Во время пребывания Полуботка в Петербурге от Стародубского полка поступила Петру просьба на выборы гетмана не соглашаться, а управлять всеми десятью полками Левобережья так, как управлялась тогда Слободская Украина, т. е. путем назначения администрации из центра. В просьбе утверждалось, что таково желание населения.
Одновременно не прекращались как доносы Вельяминова на старшину, так и старшины на Вельяминова. Для выяснения дела на месте Петр послал Румянцева с приказанием произвести расследование и выяснить, чего хочет народ.
Расследование это, как выяснилось впоследствии, установило ряд злоупотреблений как Полуботка и старшины, так и Вельяминова, за что от последнего при его смещении были отобраны все имения.
Узнавши об этом, Полуботок послал на Украину гонцов с инструкциями, как себя вести и что говорить при расследовании. Петру это стало известно, и при том в искаженном виде: будто Полуботок дал инструкции возбуждать народ против России. Это и вызвало негодование Петра и подозрения, что Полуботок пошел путем Мазепы. Пока шло расследование Румянцева, Полуботок умер (в 1724 г.). Старшинская верхушка или сидела в Петропавловской крепости, или была запугана событиями и беспрекословно подчинялась Вельяминову, который все управление полностью взял в свои руки.
Генеральная старшина была вообще упразднена (в 1723 году), а в полковники начали назначаться «коменданты» великороссы, «впредь до выбора полковника». В 1724 году в десяти полках было только три полковника — не великоросса: Апостол, Галаган и Маркевич. Да и то Апостола держали в Петербурге. Из 50 000 казаков половина была распущена по домам «на отдых»; 12 000 находились в походе в Коломаке, а 10 000 в Сулаке. От прежнего широкого самоуправления осталась только жалкая тень.
Так продолжалось до смерти Петра (янв. 1725 г.). Его преемница Екатерина I начала свое правление с освобождения старшины из Петропавловской крепости и разрешения многим из них вернуться домой. Строгий режим Малороссийской Коллегии начал смягчаться. А вскоре затем при преемнике Екатерины (умершей в 1727 г.) — Петре II (внук Петра) одно за другим начали отменяться решения Петра и Малороссийской Коллегии. Была восстановлена Генеральная Старшина; управление Малой Россией возвращено из ведения Сената в ведение Коллегии Иностранных дел; упразднена сама Малороссийская Коллегия и отозван Вельяминов; наконец, было разрешено произвести выборы нового гетмана.
Все эти облегчения Грушевский объясняет тем, что тогда Россия готовилась к войне с Турцией и не хотела чрезмерно озлоблять старшину, чтобы не толкнуть на измену или бунт.