Вторым шагом Польши было замещение высших православных должностей сторонниками унии. Несколько православных епископов, во главе с Иосифом Шумлянским и Валаамом Шептицким, принявши тайно католичество, начали планомерно выживать всех православных епископов и священников, отбирать при помощи правительства их имения, всячески притеснять всех врагов унии. Но на стороне унии они открыто не выступали, считаясь и называясь православными. Шумлянский сделался митрополитом, а Шептицкий архиепископом Холмским.
Оплот православия — Львовское братство разными притеснениями было деморализовано и лишено возможности продолжать свою культурную деятельность. Даже право печатания книг было от них отобрано и передано агентам Шумлянского. А члены братства — жители Львова были лишены права принимать участие в жизни города, т. к. согласно решению Сейма (1699 г.) православные не могли занимать никаких должностей. В некоторых же городах (например, в Каменце) жить православным было вообще запрещено. Основная масса населения — крестьянство слабо разбиралось в церковных канонических разногласиях между православием и униатством, а униаты старались внешнюю сторону униатского богослужения возможно больше приблизить к православному. Этот обман имел успех, и множество приходов официально числились униатскими, совершенно этого не подозревая. Уния была настолько ненавистна крестьянам, что даже униатское духовенство сознательно избегало произносить это слово.
Сохранилось письмо одного униатского епископа, посвященное этому вопросу, выдержки из которого приводит Грушевский в своей «Истории Украины». Вот что пишет епископ: «Имя унии им ненавистно — хуже змеи. Они думают, что за ней скрывается Бог знает что. Следуя за своим владыкой, они бессознательно верят в то, во что верят униаты, но самое имя унии отбрасывают с отвращением».
Это отвращение настолько глубоко вкоренилось в народное создание, что слово «униат» стало ругательным. Характерный случай в связи с этим имел место перед Первой мировой войной в одном из «волостных» судов (все судьи — выборные из крестьян) Нежинского уезда. Один казак обвинял другого в оскорблении словами, которые заключались в том, что обвиняемый назвал обвинителя «униатом». Судьи факт оскорбления словами признали доказанными и приговорили обвиняемого к соответствующему наказанию. Решение суда было обжаловано в высшую инстанцию (Съезд Мировых Судей), которая и должна была заняться решением вопроса о том, есть ли слово «униат» ругательным. Когда обвинителю было сообщено решение Съезда об отмене решения волостного суда, потому что слово «униат» не является ругательным, он заявил, что решение Съезда считает неправильным и будет жаловаться дальше.
Наступившая вскоре война прекратила это дело. Приведенный выше случай свидетельствует, насколько крепко и глубоко было отрицательное отношение народа к той унии, которую старалось ввести высшее духовенство, возглавляемое митрополитом Иосифом Шумлянским.
Однако это отрицательное отношение народа не останавливало Шумлянского и его единомышленников, и они быстро и неуклонно шли к своей цели — подчинить Риму православное население Украины.
В 1700 г. Шумлянский, Шептицкий и другие высшие иерархи, уже давно тайно перешедшие в католичество (униатство), сбросили свои маски, выступили открыто, публично присягнули на верность папе Римскому и начали вводить унию в своих епархиях. Деморализованное долголетними репрессиями и проникновением в его ряды тайных униатов, православное духовенство не было в состоянии оказать унии сколько-нибудь значительное сопротивление. Там же, где были попытки сопротивления, униаты действовали насилием. Так, например, когда оплот православия — Львовское Братство отказалось перейти в унию, митрополит Шумлянский явился к братской церкви с польскими солдатами, приказал вырубить дверь и совершил в этой православной церкви богослужение по униатскому обряду. Жалобы Братства к королю остались без результата. В конце концов Братство покорилось и в 1708 году официально признало унию. Кроме Львовской епархии (Галиция и Подолия) еще раньше (1691 г.) уния была официально введена в Перемышльской епархии, а несколько лет спустя (в 1711 г.) и в Луцкой епархии (Волынь). На Киевщине затруднений со введением унии было значительно больше благодаря близости православного Левобережья и сопротивлению населения, но и там сопротивление было сломлено и к концу первой четверти XVIII века католики могли сообщить, что все Правобережье перешло в унию.
Формально если считать, что с переходом в унию епископов переходит и их паства, католики были правы, ибо все епископы перешли в унию. Но в действительности дело обстояло иначе. Широкие народные массы в душе остались к унии не только чуждыми, но и враждебными. И когда после воссоединения с Россией Правобережья встал вострое о возвращении в православие того населения, которое официально считалось униатами, народ этому возвращению не только не противился, но встретил его радостно, как возвращение к старой прадедовской вере.