Вскоре силы сопротивления повстанцев было сломлены; часть их, поверив обещаниям Жолкевского, решила положить оружие. Использовав эти настроения, поляки ворвались в лагерь и произвели здесь страшную резню, не щадя ни женщин, ни детей. Только незначительное число казаков успело прорваться и уйти на Запорожье. Наливайко, заместитель Лободы-Шаула и несколько командиров во время этого нападения были вероломно схвачены теми реестровцами, которые верили полякам, и выданы Жолкевскому. Началась страшная резня, о которой польский хроникер Бельский пишет: «…и так их рубили немилосердно, что на протяжении мили или больше трупы лежали на трупах. Было их всех в лагере вместе с чернью, женщинами и детьми около десяти тысяч, из которых спаслись не более полутора тысяч»…
В апреле 1597 года Наливайко был казнен публично в Варшаве. Ему сначала отрубили голову, а потом четвертовали. Части его тела были развешены в разных местах города. Казнены были также не только все сотрудники Наливайки, но и большинство казаков, поверившие честному слову Жолкевского.
Польский Сейм «наложил на казаков баницию», то есть объявил их вне закона, а все права реестровых казаков были упразднены.
Но никакое распоряжение правительства не смогло не только ликвидировать казачество, но даже приостановить его рост и развитие.
Тяжелый социальный гнет крепостничества и религиозно-национальная дискриминация толкали все больше и больше недовольных в ряды казачества, и Речь Посполитая вынуждена была смотреть на это сквозь пальцы, ибо под давлением феодалов и католической церкви не имела ни возможности, ни желания устранить те причины, которые порождали казачество. Не имела и силы сделать казаков покорными.
Хотя и потерпевшее неуспехи в своих восстаниях начала 90-х годов, население Украины в их результате осознало свою силу и поняло безнадежность всяких попыток честно договориться с поляками и католиками и наладить равноправное с ними сосуществование. Оставаться же на положении подчиненного народа в польской колонии, каковой стала Украина к концу XVI столетия, народ, почувствовавший свою силу, не хотел.
Это был уже не тот народ с примитивно-феодальной системой, натуральным хозяйством и со своей собственной культурой, на которую вначале никто не посягал, который в XIV веке волею исторических событий очутился в одном государстве с литовцами и поляками.
Братства и православная церковь были к концу XVI века достаточно организованы и закалены в борьбе с польско-католической агрессией, чтобы стать центрами морального отпора и защиты религии и неразрывно с ней связанной национальности. Казачество было силой военной, на которую возлагал надежды весь народ. Угнетаемые крестьянство и мещанство — неисчерпаемым источником сил для борьбы за освобождение.
И только самая незначительная часть социальной верхушки: магнаты, часть шляхты (но далеко не вся), высшее духовенство и незначительная часть старшины реестровых казаков относились лояльно к Речи Посполитой и надеялись на возможность сотрудничества с ее правительством.
Каковы же были устремления, планы на будущее пробудившейся и сознавшей себя Украины?
Стремление создать независимое государство, чуждое и враждебное Москве, как это утверждают украинские шовинисты, или желание воссоединить разорванные историей народ и государство Киевской Руси?
В богатейших собраниях исторических документов, мемуарах, письмах того времени нигде нельзя найти никакого следа о стремлении создания «Самостийной, Украинской Державы», как это безосновательно утверждают шовинисты-сепаратисты.
Нельзя найти нигде и слова «Украина» иначе как в смысле «край», «окраина». Население само называло себя «русским» или «малороссийским», а само польское правительство наиболее окатоличенную и полонизированную часть Украины, Галицию, называло «Воеводством Русским».
Нигде нельзя найти и следов враждебного отношения к Москве и к москалям, и в то же время все исторические памятники того времени полны свидетельств и доказательств непримиримой вражды к двум соседям Украины: полякам и татарам. Совершенно неопровержимые многочисленные факты обращения за помощью к Москве и связь с нею казачества, братств, духовенства доказывают стремления населения Украины к единоверной и единокровной Москве, а не отталкивание от нее и вражду, как пытаются это представить шовинисты-сепаратисты.
Не вражду, а желание слияния подтверждают и многочисленные переселения, часто большими группами, казаков и крестьян с Левобережной Украины в Украину Слободскую, то есть в пределы Московского государства.