Изменилась оперативная обстановка в прифронтовом тылу, изменились задачи и войск НКВД по охране тыла действующей армии. Вместо проверки документов в движущихся по фронтовым дорогам массах людей и регулирования движения на коммуникациях личному составу вменялось в обязанность вести борьбу с агентурой, диверсионными группами и десантами противника, бандитскими формированиями в прифронтовой полосе. Войска НКВД по охране железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности стали привлекаться для выполнения задач по поддержанию порядка и государственной безопасности по месту дислокации. Военными советами ряда фронтов на войска НКВД по охране железнодорожных сооружений были возложены обязанности по наведению порядка на железнодорожных магистралях в прифронтовой полосе и прилегающих местностях, по сопровождению и охране воинских грузов. Накопленный войсками опыт по наведению порядка на железных дорогах лег затем в основу Инструкции о порядке передвижения граждан по железнодорожным и водным путям в военное время. Инструкция была утверждена приказами НКВД СССР и Народного Комиссариата речного флота от 11 апреля 1942 года[33].
Для улучшения общественного порядка и безопасности Военные советы фронтов значительно ужесточили режим проживания и нахождения граждан в пределах фронтовой полосы и вблизи важных объектов военного и государственного значения. Местные органы советской власти, милиция обязывались систематически проводить проверки проживающих в населенных пунктах местных жителей, правомерность нахождения посторонних лиц. Хозяевам подворий и квартир запрещался прием на постой и проживание кого бы то ни было, в том числе военнослужащих, без разрешения местных органов советской власти[34]. В отдельных пунктах и районах прифронтовой полосы не разрешалось или ограничивалось передвижение гражданского населения. Гражданскому населению запрещалось также посещение пунктов и мест, имеющих важное военное значение: мест разгрузки воинских эшелонов, отгрузки или выгрузки боеприпасов, военных технических средств, складирования военного имущества. Запреты предпринимались с целью пресечения возможностей вражеской агентуры вести наблюдение за объектами военного значения, маскируясь под местных жителей. По решению Военного совета Северо-Западного фронта впервые было проведено отселение местных жителей из 10– километровой полосы, примыкающей к передовой линии фронта.
Улучшение военной обстановки на фронтах в начале 1942 года позволило Военным советам фронтов и НКВД СССР освободить большинство частей и соединений войск НКВД от ведения боевых действий. В соответствии с решением Ставки Верховного Главнокомандования, приказом НКВД СССР от 11 февраля 1942 года части и соединения других видов войск НКВД были выведены из оперативного подчинения начальнику войск НКВД по охране тыла. Указанием начальника Генерального штаба Красной Армии Военным советам фронтов запрещалось использовать части войск НКВД для выполнения задач, выходящих за рамки их непосредственных обязанностей.
Освобождение от обязанностей по охране тыла действующей армии позволило командованию частей сосредоточить внимание личного состава на совершенствовании методов выполнения собственных служебно-боевых задач, как в системе охраны объектов, так и в вопросах безопасности от нападения диверсионных групп и десантов противника. Командиры частей начали налаживать с территориальными органами НКВД и милицией регулярную телефонную связь, уточнять вопросы взаимодействия на случай возникновения реальной угрозы появления противника, бандформирований вблизи охраняемых объектов. Для организации непрерывного наблюдения за окружающей местностью и совместной работы начали создаваться в населенных пунктах бригады содействия. Частями, кроме того, были уточнены вопросы взаимодействия с подразделениями противовоздушной обороны, службой ВНОС, местными органами советской власти с целью своевременного получения соответствующей информации.
Проблемы организации борьбы с диверсионно-разведывательными группами противника и бандитскими формированиями в прифронтовой полосе в полном объеме решались Управлениями войск НКВД по охране тыла действующей армии. В оперативном отношении на время проведения специальных операций или отдельных акций Управлениям подчинялись войска и местные органы НКВД, милиция, другие задействованные в мероприятиях силы и средства.