2 февраля 2004 г. во время избирательной кампании по выборам президента РФ один из кандидатов в президенты, бывший председатель Государственной думы, бывший секретарь Совета безопасности РФ Иван Рыбкин опубликовал на правах рекламы в газете «Коммерсант» статью «Путин не имеет права на власть в России». Рыбкин, в частности, увер-ждал: «Известный Абрамович, стоящие в тени Тимченко, братья Ковальчуки и другие отвечают за бизнес Путина. Акции НТВ, Первого канала, «Сургутнефтегаза» и многих других акционерных обществ принадлежат компаниям и лицам, над которыми может осуществлять контроль лично Путин»[24]
.После смерти Адольфа Смирнова в январе 2005 г. Тимченко и двое его оставшихся партнеров поделили бизнес: группа «Кинэкс», включая часть «Линк Ойла», достались партнерам Тимченко.
На 1 июля 2005 Тимченко контролировал через «Трансойл СНГ» около 10 % акций банка «Россия» (ООО «Трансойл СНГ» — 9.54 %); другие акционеры: председатель совета директоров банка Юрий Ковальчук — 30,39 %, Николай Шамалов — 12,65 %; Дмитрий Горелов — 12,58 %; ЗАО «Северсталь-групп» Алексея Мордашова — 7,15 %.
В 2007 г. группа компания Gunvor стала крупнейшим российским экспортером нефти и нефтепродуктов, реализовав на международных рынках 83 млн. тонн углеводородов, что составляло около 1/3 всего российского экспорта[25]
.К 2008 г. структура собственности Gunvor усложнилась: швейцарский трейдер «принадлежит холдингу Gunvor International BV, зарегистрированному в Нидерландах, а тот, в свою очередь, принадлежит холдингу Gunvor Cyprus Holding Ltd, зарегистрированному на Кипре. Собственник кипрской компании — еще одна организация — «почтовый ящик» на Британских Виргинских островах под названием EIS Clearwater Advisors Corp, согласно регистрационным документам кипрского холдинга вступивший в права собственности в апреле 2007
Через группу Gunvor Тимченко являлся основным владельцем терминала по перевалке нефтепродуктов в порту Усть-Луга и аналогичного проекта в Новороссийском порту. Через швейцарские фирмы «Керринг Финанс» (Carring Finance SA) и Maples владел 72,78 % «Трансойл СНГ». Тимченко владел также 70 % «Авиа групп норд» через кипрскую Unidream Holdings.
В 2009 г. газета «Ведомости» выяснила, что младший сын бывшего главы ОАО РЖД Владимира Якунина Виктор с середины 2000-х гг. работал в российском представительстве Gunvor, где занимался проблемами юридического обеспечения проектов в России.
В 2007 г. Тимченко основал в Люксембурге венчурную фирму Volga Resources SICAR S.A., а затем — ее дочку, инвестиционную компанию Volga Resources SICAV-SIF S.A.
В 2012 г. Volga Resources владела 25 % геофизической компании «Геотек», 100 % производителя напитков «Акваника», 49,1 % немецкого страховщика Sovag, 12,5 % страховой компании «Согаз».
В 2008 г. стало известно, что в собственности фонда Volga Resources находилось 5,07 % акций компании «Новатэк», крупнейшего независимого производителя газа в России. В конце того же года фонд Volga Resources приобрел компанию «Ямал СПГ», которая владела лицензией на разработку Южно-Тамбейского газоконденсатного месторождения на полуострове Ямал; структуры Тимченко купили 74,9 % акций ОАО «Ямал СПГ» у Алишера Усманова. В 2009 г. фонд Volga Resources продал компанию «Ямал СПГ» компании «Новатэк», в результате сделки и последующих операций Тимченко стал контролировать 23,5 процента акций компании «Новатэк». Тогда же он был избран в совет директоров ОАО «Новатэк». Как сообщил один из руководителей ОАО «Газпром» газете «Ведомости», после прихода Тимченко «"Новатэк" начал продавать "Газпрому" газ вдвое дороже, чем другие независимые производители»[27]
.В 2009 г. структуры Тимченко консолидировали 79,6 процента голосующих акций компании ОАО «Стройтрансгаз». Эта компания до смены менеджмента ОАО «Газпром» в 2000 г. являлась крупнейшим подрядчиком газовой монополии по строительству газопроводов. После этого «Стройтрансгаз» стал выигрывать конкурсы на строительство линий электропередач, заказчиком по которым было государственное ОАО ФСК ЕЭС[28]
.В апреле 2011 г. Тимченко был назначен председателем совета директоров петербургского хоккейного клуба (ХК) СКА, подвинув с этого места зампреда правления «Газпрома» Александра Медведева.
В 2011 г. структуры Gunvor приобрели за 300 млн. долларов у группы «ОНЭКСИМ» Михаила Прохорова контрольный пакет угольной компании «Колмар» с общими запасами 400 млн. тонн коксующегося угля в Якутии.
В 2011 г. Тимченко купил 30,5 % рыбоперерабатывающей компании «Русское море». Основателем компании является тогдашний секретарь генерального совета партии «Единая Россия» Андрей Воробьев (ныне — губернатор Московской области). В 2013 г. компания «Русское море» купила две дальневосточные рыболовецкие компании и стала лидером отрасли в России.
Также в 2011 г. Тимченко получил через Dellawood Holdings Limited (крупнейший акционер — основатель и совладелец «Новатэка» Леонид Михельсон) 37,5 процентов компании «Сибур», лидера российской нефтехимии.