Назначение Фрадкова на должность председателя правительства России связывали с активностью Игоря Сечина[174]
. В то же время Иван Рыбкин (секретарь Совета безопасности при президенте Ельцине) заявил: «Я знаю, кто его предложил Путину — это Примаков, потому что в свое время именно он невероятно настойчиво предлагал и мне Фрадкова на все возможные должности»[175].28 апреля 2004 г. Фрадков назначил себе десять помощников. Ими стали: Александр Рыбас, Сергей Колесников, Сергей Винокуров, Геннадий Букаев, Владимир Миловидов, Андрей Николаев, Александр Починок, Владимир Филиппов, Сергей Франк, Борис Френкель.
После инаугурации Путина 6 мая 2004 г. был вновь представлен Думе на утверждение в качестве председателя правительства. Итоги голосования за утверждение его премьером 12 мая 2004 г.: 356 «за» («Единая Россия», ЛДПР, 11 депутатов от «Родины»). 72 «против» (КПРФ, часть «Родины», Е.Ройзман), 8 воздержались (В.Геращенко, 6 из демократической «Группы 7-ми», В.Черепков).
В январе 2005 г. начались многочисленные митинги пенсионеров, недовольных заменой льгот денежными компенсациями. К отставке правительства призывали КПРФ и «Родина», в Государственной думе собирались подписи под предложением о вынесении вотума недоверия правительству.
Будучи председателем правительства РФ, Фрадков неоднократно выступал против экономического блока в правительстве. Так в 2004 г. Фрадков выступил против программы реформирования электроэнергетики, которая была разработана под руководством Анатолия Чубайса. В результате программа все же была принята, но со значительной задержкой. Постоянно конфликтовал с лидерами «экономического блока» в правительстве — министром финансов Алексеем Кудриным и министром экономического развития и торговли Германом Грефом. В частности, с Кудриным у Фрадкова имелись серьезные расхождения по налоговой политике, а с Грефом — по вопросам государственных инвестиций в экономику.
С 2005 г. — председатель правительственной комиссии по вопросам ТЭК и воспроизводства минерально-сырьевой базы.
12 сентября 2007 г. Фрадков подал в отставку, заявив, что считает нужным в преддверии будущих выборов в Госдуму и выборов президента предоставить Владимиру Путину «полную свободу в выборе решений, включая кадровые». Путин сказал, что понимает мотивы Фрадкова, принял отставку правительства, попросил Фрадкова исполнять обязанности председателя правительства вплоть до одобрения Госдумой кандидатуры нового премьера и наградил его орденом «За заслуги перед Отечеством» I (высшей) степени. 14 сентября 2007 г. Государственная дума утвердила новым председателем правительства Виктора Зубкова.
6 октября 2007 г. президент Путин сообщил, что Фрадков станет новым директором Службы внешней разведки (СВР) вместо Сергея Лебедева. назначенного накануне исполнительным секретарем СНГ. 9 октября 2007 г. Путин подписал указ о назначении Фрадкова директором СВР.
С 2007 г. — член Совета безопасности РФ.
Имеет дипломатический ранг Чрезвычайного и Полномочного Посла.
Кандидат экономических наук (тема диссертации: «Современные тенденции международных экономических отношений и внешнеэкономические связи России»),
Став премьером, Фрадков крестился, обряд проводил Патриарх Алексий II.
Награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» I (2007) и II степеней (2005), орденом Почета.
Владеет английским и испанским языками.
Жена Елена Олеговна по образованию экономист, работала ведущим специалистом по маркетингу Центра международной торговли.
Старший сын, Петр родился в 1978 г. В 2000 г. окончил Московский государственный институт международных отношений МИД России по специальности «Мировая экономика». В 2007 г. окончил Кингстонскую бизнес-школу Кингстонского университета по специальности «Мастер делового администрирования». Академию народного хозяйства при правительстве Российской Федерации по специальности «Мастер делового администрирования». В 2000–2004 гг. — эксперт 1 категории, заместитель представителя Внешэкономбанка в США, начальник отдела Внешэкономбанка. В 2004–2005 гг. — заместитель генерального директора ОАО «Дальневосточное морское пароходство». В 2005–2007 гг. — заместитель директора дирекции — директор департамента, Первый заместитель директора дирекции Внешэкономбанка, с июня 2007 г. — член правления государственной корпорации «Внешэкономбанк», заместитель председателя Внешэкономбанка. С октября 2011 г. — председатель правления — генеральный директор ОАО «ЭКСАР» (Российское агентство по страхованию экспортных кредитов), член правления Внешэкономбанка. С декабря 2012 г. по декабрь 2014 г. — председатель правления — генеральный директор ОАО «ЭКСАР». В декабре 2014 назначен первым заместителем председателя Внешэкономбанка, членом правления. С 2015 г. — генеральный директор АО «Российский экспортный центр».