В декабре 1991 г. стал одним из учредителей фирмы АОЗТ «Балтийские бизнес-партнеры» с долей в уставном фонде в 10 % (другие три учредителя: тбилисский житель Леван Пирвели — 50 % акций, Игорь Шитиков — 30 %, Ясон Антия — 10 %). В том же году создал кооператив «Сова» (один из партнеров — Василий Шестаков), который занимался проведением соревнований по дзюдо.
В начале 1990-х гг. помогал Путину·, занимавшему в это время пост председателя Комитета по внешним связям (КВС) мэрии Санкт-Петербурга продолжать занятия дзюдо, выступая на тренировках в качестве его спарринг-партнера (благодаря чему прослыл «тренером Путина»).
В июле 1993 г. возглавил ТОО «Фирма Грант» (учредители: Зорин Игорь Алексеевич и Вадиков Денис Борисович).
В июле 1995 г. стал соучредителем ООО «Охранное предприятие «Шилд» (три учредителя: Аркадий Ротенберг. Николай Кононов и Владимир Носов — по 33,3 %; руководитель — Н.Кононов).
С декабря 1995 г. — соучредитель компаниии ООО «РКК» (два других соучредителя: Кирсанов Игорь Владимирович и Князев Андрей Алексеевич; у каждого из троих по 33,3 % уставного капитала).
В феврале 1997 г. учредил (совместно с Путырским Владимиром Кирилловичем) Фонд «Международный информационно-аналитический центр» (МИАЦ: руководитель — Туманов Константин Евгеньевич).
В июне 1998 г. стал генеральным директором некоммерческого предприятия Фонд «Спортивный клуб дзюдо Явара-Нева», учрежденного совладельцами Группы «Кинэкс» Геннадием Тимченко и Андреем Катковым. Почетный президент клуба — Владимир Путин.
Осенью 1999 г., как утверждала «Независимая газета», познакомился с бизнесменом (торговцем водкой) Сергеем Зивенко, вместе с ним создал две торговые фирмы с офисом на Новом Арбате в Москве, а также познакомил Зивенко с руководителем службы безопасности Путина Виктором Золотовым»^[208]
. В мае 2000 г. якобы способствовал назначению С.Зивенко на пост гендиректора «Росспиртпрома».В начале 2000 г. Аркадий Ротенберг вошел в совет директоров санкт-петербургской компании «Талион» (девелоперский, игорный, гостиничный, ресторанный бизнес), которую возглавляет Александр Ебралидзе. имеющий репутацию авторитетного предпринимателя (два срока за разбойное нападение и за хулиганство, в 1979 и в 1985 гг.)[209]
. В 2015 г. состояние Ебралидзе оценивалось в 6,5 млрд, рублей.В 2001 г. вместе с братом Борисом создал банк «Северный морской путь» (СМП-банк), в котором возглавил совет директоров.
В 2003–2004 гг. в союзе с министром сельского хозяйства Алексеем Гордеевым и руководителями российского спорта — председателем Олимпийского комитета России (ОКР) Леонидом Тягачевым и председателем Госкомспорта Вячеславом Фетисовым — провел успешную операцию по перехвату контроля над российским структурами дзюдо у президента Федерации союза дзюдо России (ФДР) Владимира Шестакова (не путать с Василием Шестаковым!). Для этого весной 2003 г. Аркадий Ротенберг организовал на базе петербурского и московского клубов «Явара-Нева» параллельную Федерации Шестакова общероссийскую структуру — Национальный союз дзюдо (НСД), президентом которого стал Гордеев, а председателем Высшего совета — сам Ротенберг. В конце декабря 2003 г. комиссия Госкомспорта под председательством Николая Пархоменко отказала в аттестации всем тренерам национальной сборной, включая главного тренера России Владимира Шестакова — на том основании, что они были назначены по представлению ФДР, а не НСД. Вместо списка ФДР был утвержден тренерский список НСД.
В январе 2004 г. на внеочередной конференции ФДР Владимир Шестаков отказался от президентского поста и уступил его Гордееву, который, таким образом, возглавил обе структуры. Одним из 9-ти вице-президентов ФДР стал Аркадий Ротенберг.
В 2006 г. возглавил созданный тогда же Всемирный фонд развития дзюдо.
В 2006 г. стал одним из учредителей дачного потребительского кооператива «Отечество» во Всеволожском р-не Ленинградской области (другие соучредители — Борис Ротенберг и Григорий Баевский).
В середине 2000-х годов братья Ротенберги создали компании «Трубный металлопрокат» и «Трубная промышленность», которые занимались продажей труб, в том числе и для ОАО «Газпром».
В ноябре 2006 г. СМП-банк братьев Ротенбергов купил блокирующий пакет акций латвийского Multibanka.
В апреле 2008 г. Аркадий Ротенберг купил 20 % долю в офшоре Kadina Ltd (бенефициары — Александр Пономаренко и Александр Ско-робогатько), которому принадлежало 50,1 % акций Новороссийского морского торгового порта (НМТП). В 2011 г. этот пакет был проданы компании «Транснефть» (генеральный директор — Николай Токарев) и структурам предпринимателя Зиявудина Магомедова.