28 мая 2003 г. был назначен помощником президента России по административной реформе, уступив пост главы аппарата правительства Константину Мерзликину.
30 октября 2003 г. был назначен заместителем руководителя администрации президента РФ, где координировал деятельность подразделений администрации по вопросам подготовки и реализации приоритетных национальных проектов, осуществлял оперативное руководство деятельностью Экономического управления президента, рассматривал вопросы отдела экспертного сопровождения приоритетных национальных программ.
В результате реорганизации администрации президента 25 марта 2004 г. был назначен помощником президента РФ с освобождением от ранее занимаемой должности.
С ноября 2004 г. — председатель совета директоров ОАО «Современный коммерческий флот» («Совкомфлот»), сменил на этом посту Дмитрия Козака.
3 января 2005 г. Шувалов был назначен личным представителем российского президента в «Большой восьмерке», сменил на этом посту Андрея Илларионова.
16 марта 2005 г. в беседе с журналистами признал, что «дело ЮКОСа» отрицательно повлияло на поступление иностранных инвестиций в Россию, но без этого дела, по словам Шувалова, обойтись было невозможно, «решение было правильным»[127]
.С октября 2005 г. — заместитель председателя совета при президенте Российской Федерации по реализации приоритетных национальных проектов (председатель совета — Дмитрий Медведев).
В 2007 г. вошел в попечительский совет Московской школы управления «Сколково», который возглавил Дмитрий Медведев.
Во многих биографиях И.И.Шувалова ошибочно указано, что в апреле 2008 г. он был избран заместителем секретаря президиума генерального совета Всероссийской политической партии «Единая Россия» — в действительности на эту должность был выбран Юрий Шувалов, высокопоставленный сотрудник аппарата Государственной думы.
12 мая 2008 г. получил пост первого вице-премьера в правительстве Путина (другой первый вице-премьер — Виктор Зубков). Курировал внешнеэкономический комплекс, распоряжение госимуществом, тарифную и региональную политику. Согласно распределению обязанностей, подписанному Путиным, Шувалов заменял премьера в случае его временного отсутствия.
Отвечал также за подготовку к проведению саммита стран Азиатско-Тихоокеанского экономического сотрудничества (АТЭС), прошедшего во Владивостоке в сентябре 2012 г.
19 марта 2009 г. президент Медведев назначил Шувалова национальным координатором по делам СНГ.
В октябре 2009 г. президент Медведев вывел Шувалова из состава Национального банковского совета (НБС), контролирующего деятельность Банка России.
В 2010–2012 гг. был председателем наблюдательного совета Государственной корпорации «Росатом».
В июле 2011 г. присоединился к Общероссийскому народному фронту.
В декабре 2011 г. американское издание Barron’s опубликовало расследование[128]
о том, как в 2003–2004 гг. багамская фирма Sevenkey Limited, бенефициаром которой был Шувалов, кредитовала структуры предпринимателя Алишера Усманова под высокие проценты: полученные таким образом повышенные доходы могли быть формой взятки. Изучением сделок занялась комиссия по ценным бумагам и биржам США (SEC)/[129]. Серьезных последствий публикация для Шувалова тогда не имела.В 2012 г. Наталья Пелевина, проживавшая на тот момент в Нью-Йорке правозащитница, учредитель НКО «Комитет за демократическую Россию», вернулась к расследованию Barron's. Пелевина подала заявление в Генпрокуратуру с требованием проверить информацию о получении женой Игоря Шувалова Ольгой 120 млн. долларов от Алишера Усманова и Евгения Швидлера, партнера Романа Абрамовича. По данным Пелевиной, в 2003 г. на пустой счет компании Sevenkey, подконтрольный Шуваловой, поступили от Абрамовича 50 млн. долларов (через офшор Unicast Technologies Corp) и через две недели ушли в виде кредита Алишеру Усманову на покупку акций Corus Group. Сначала условия займа были 5 % годовых, но затем они были изменены таким образом, что в итоге компания Шуваловой якобы получила, как утверждает Пеле-вина, 100 % годовых[130]
(по другим данным, 40 % годовых[131]). В конечном итоге после всех выплат со стороны Усманова на счету Sevenkey оказалось 119 млн. долларов. Пелевина также отмечала, что в разгар экономического кризиса в 2009 г. Усманов получил миллиард долларов госзайма (решение об этом принимал Шувалов)[132].